打开PDB网站,在右上方搜索栏中,输入要找的蛋白 页面中会显示相关蛋白的PDB ID,这是在PDB数据库中,每个晶体结构所对应的唯一的编号,如界面中的5DZL,4QXW等 同时,每个PDB ID下,会显示该结构的简述,解析该结构的人、该结构发表的文章、解析时间、解析方法等。这里,我点进5DZL 进入页面后,可以看到左侧图为该蛋白...
以“人TP53”为例,在主页面选择物种人,输入基因名称即可,查询结果见下图。点击目标基因或转录本进入详情界面。 进入第一个搜索结果的详情界面,内容包括基因描述、染色体位置、其他数据库的链接等信息。点击“Show transcript table”可展示所有转录本,转录本详细信通过转录本ID跳转查看。 获取序列需点击左侧菜单栏中的“...
输入为 Ensembl ID 列表,返回一个新的2列列表,包含了 Ensembl ID 和是否为转录因子(√-是,×-否)。有些查询会返回404错误,因此用了 tryCatch 结构。由于默认所有基因都不是转录因子,通过依次查询来动态修改,因此出现阴性结果既可能是真阴性,也可能是网络原因未能从HPA下载到数据,如果需要严格区分两种情形可以自行...
对于Ensembl数据库而言,其也有一套命名规则,与NCBI类似,使用前缀来表示不同的含义,一般情况下XXX(三个字母)用来表示物种。有个特例就是人类,人类的Ensembl ID不含有表示物种的三个字母,即前缀变为了ENSG、ENST和ENSE。 1.打开Ensembl主页并搜索自己想要查询的基因 在搜索框里选择自己想要搜索的基因及物种(B),点击Go...
1.打开Ensembl网站,输入目标基因名或基因ID进行搜索。 2.确认目标基因,并查找蛋白质信息。 B. Ensembl数据库 1.下载和解析Ensembl数据库中的蛋白质序列数据。 2.使用相应的查询语言来检索蛋白质数据。 III. Ensembl蛋白序列的分析工具 A.定位分析 利用蛋白质序列的位置信息,确定其在基因组中的准确位置。 B.结构分...
应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列 在讲述某个基因的启动子查询之间,我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。先看一下中心法则: 启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的,在此要与DNA自身复制起始点(称作复制子)和由mRNA翻译为蛋白质时的翻译起始点(以起始密码子ATG为标志)区...
3. 下载资源查询及下载 以下载人类 GATK hg19参考基因组全部资源为例,大小5.1Gb。 ./aws-igenomes.sh -t# 回车查询支持物种# 选择人# Please enter a reference genome:Homo_sapiens# Please enter a reference source:GATK# 参考基因组版本# Please enter a reference build:hg19 ...
利用Ensembl基因组浏览器查询登录号ENST00000504290.5基因,其包含()个Coding exon。A.3B.4C.6D.8搜索 题目 利用Ensembl基因组浏览器查询登录号ENST00000504290.5基因,其包含()个Coding exon。 A.3B.4C.6D.8 答案 C 解析收藏 反馈 分享
百度试题 题目用于查询蛋白质信息的数据库是()。 A.GenBankB.EnsemblC.UniProtD.EST相关知识点: 试题来源: 解析 C 反馈 收藏