今天在做ssGESA分析的时候发现,TCGA下载的基因ID为Ensembl ID,下载的基因集为Gene name,在做分析之前要做一下基因ID转化,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“tidyverse”)导入需要的R包 library(tidyv…
#二者ID进行匹配,并添加一列gsymexpr$gsym<-geneann[rownames(expr),]$gene#去除重复的Gene nameexpr<-distinct(expr,gsym,.keep_all=T)#将行名改为Gene namerow.names(expr)<-expr$gsym#将添加的gsym这一列删除expr<-slect(expr,-gsym)#将修改的结果文件保存write.table(expr,"TCGA-KIRC-expr.txt",col...
#二者ID进行匹配,并添加一列gsymexpr$gsym<-geneann[rownames(expr),]$gene#去除重复的Gene nameexpr<-distinct(expr,gsym,.keep_all=T)#将行名改为Gene namerow.names(expr)<-expr$gsym#将添加的gsym这一列删除expr<-slect(expr,-gsym)#将修改的结果文件保存write.table(expr,"TCGA-KIRC-expr.txt",col...
1.使用浏览器搜索ensembl,点击Ensembl genome browser 104 Ensembl基因组浏览器104 2.点击上方工具栏中的BioMart,选择数据集(这里选Ensembl Genes 104),这里以小鼠为例,选择小鼠的基因数据集(Mouse genes(GRCm39)) ensembl官网 3.点击左侧的filters,打开GENE栏,粘贴待转换的Ensembl ID 4.点击左侧Attributes,打开GENE栏...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
在RNA-seq下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol( gene_name )的情况,而在转换时经常会出现多个ensembl_id对应与一个gene symbol的情形,此时就出现了重复的gene symbol。 重复的gene symbol当然是不能作为基因表达矩阵行名的,此时就需要我们去除重复的gene symbol。
dplyr::inner_join(my_data, by ="gene_id") # onlyselect the protein coding genes. mRNA_exprSet<-mRNA_exprSet[!duplicated(mRNA_exprSet$gene_name),] 总结,整个语句如下: rm(list=ls()) my_data <- read.csv("exp-1.csv") library('tidyr') ...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
在R中如何利用ENSEMBL ID获得Gene ID(ENTREZID), 又或者转换为Gene Symbol,以人为例: 预先安装AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db 加载org.Hs.eg.db >library(org.Hs.eg.db) AI代码助手复制代码 获取所有的ENSEMBL ID,并查看前五个ID > k=keys(org.Hs.eg.db,keytype ="ENSEMBL") ...
Ensembl Gene ID,1.测试数据的准备和相关包的安装。library(stringr)>d1<-read.table('test.txt',sep='\t',header=TRUE)>d1tagtcga1ENSG00000000003.1329694725135016672ENSG00000