前列腺癌中增强子转录的特征:对 20 对前列腺癌和癌旁正常组织进行 ATAC - seq 和 RNA - seq 分析,发现癌症与正常组织的染色质可及性模式不同,多数开放染色质区域位于内含子和基因间区域,可能含有潜在增强子。通过整合多种数据,鉴定出 4719 个 eRNAs,其中 98 个在肿瘤中上调,132 个下调。这些 eRNAs 与细胞分化...
鉴定出超级增强子之后,可以根据基因位置预测超级增强子所调控的编码蛋白基因和非编码RNA的表达,通过结合转录组测序技术,可以对超级增强子和肿瘤异常高表达的mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA进行关联分析,从而推断关键的超级增强子,进一步锁定肿瘤相关的基因,有利于指导下一步的抗肿瘤功能研究。 3. 其他资料 定义超级增...
文章首先利用 SBC ceRNA芯片对三对前列腺癌与癌旁样本进行了eRNA、 SE-lncRNA和mRNA表达谱分析,鉴定得到差异表达的681个eRNA和292个SE-lncRNA。并对不同实验下鉴定的活性增强子转录eRNA进行了分析,发现不同实验鉴定的活性增强子转录eRNA整体表达没有差异,但STARR-seq鉴定的开放与关闭增强子转录eRNA 的整体表达有明显...
1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。 特性:远距离效应,无方向性。 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶的最大亚基POLR2A作为抗体进行chip_seq,识别增强子 ...
文章首先利用 SBC ceRNA芯片对三对前列腺癌与癌旁样本进行了eRNA、 SE-lncRNA和mRNA表达谱分析,鉴定得到差异表达的681个eRNA和292个SE-lncRNA。并对不同实验下鉴定的活性增强子转录eRNA进行了分析,发现不同实验鉴定的活性增强子转录eRNA整体表达没有差异,但STARR-seq鉴定的开放与关闭增强子转录eRNA 的整体表达有明显...
现在,作者经过鉴定发现了增强子GAIN,即获得型增强子。增强子是由一群转录因子 (TF) 结合位点组成的DNA调控元件,能够刺激基因转录,甚至是较远的基因。探究增强子的功能,可以从寻找这些TF着手。 a. 用TRAP算法寻找获得型增强子上富集的TF基序,结合对类器官的RNA-seq,ChIP-seq、RNA-FISH,作者锁定了FOXA1基因,它能激活...
HiChIP是一种用来解析染色质构象的方法,可认为是Hi-C的高端版,该技术可用较少的细胞更快更高效的获得较多感兴趣的基因reads数、较高信号值和更高特异性的数据,可鉴定到高置信的超级增强子靶基因。 4. 分析超级增强子和下游靶基因,还可以将H3K27ac ChIP-seq与大家经常做的RNA-seq数据联合分析,以进一步预测超级...
主营产品:DNA提取试剂盒,RNA提取试剂盒,蛋白提取试剂盒,PCR试剂,动物红细.. 公司地址:紫雀路33号院3号楼3516 进入商铺收藏商铺 产地:北京 品牌:百奥莱博 货号:TAG191 保质期:长期 个月 保存条件:冷藏 PCR Enhancer促销 产地:国产|进口 品牌:百奥莱博 ...
您当前所在的位置:首页>>热点专题 >>ChIP-seq+RNA-seq联合分析 >>ChIP-seq >>superenhancer的分析 superenhancer的分析1.3. SEs鉴定 超级增强子(SEs, Super-enhancers )鉴定分析:可以找到影响转录水平异常增加的一系列表观水平的相互作用区域 SEs鉴定能给出什么信息? SEs的定义,分析意义,分析方法等简介...
⾼通量数据是如何鉴定enhancer的？为什么ChiP-seq和ATAC-seq主要是⽤来测enhancer的？为什么enhancer的研究⽐promoter的更多？什么是Enhancer RNA（eRNA）？SNP是如何通过影响enhancer来影响转录调控，并最终影响基因表达的？⽬前enhancer研究最⼤的问题是什么？了解真实的enhancer到底是什么样的；⾼通量测序是如何...