今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象。使用EnhancedVocalno包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表,可以说非常简单又实用的一款神...
R语言绘图包02--热图pheatmap 1. 介绍 火山图(Volcano plot)用于展示基因表达差异的分布,横轴为LogFC(Log2 Fold Change,Fold Chang是处理组平均值/对照组平均值),越偏离中心表示差异倍数越大;纵轴为-Log10(P.Value),值越大差异越显著。一般横轴越偏离中心的点其纵轴值也会比较大,因此呈现火山喷发的形状。(火...
# 安装并加载所需的R包 # if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)) # install.packages('BiocManager') # BiocManager::install('EnhancedVolcano') # devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano') library(EnhancedVolcano) # 加载数据 library(airway) library(magrittr) data('airway'...
R包安装if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)) install.packages('BiocManager') BiocManager::install('EnhancedVolcano') library(EnhancedVolcano) 可视化展示01 数据展示 library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex %<>% relevel('untrt')##将 Ensembl gene ID 注释为gene symb...
今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象。使用EnhancedVocalno包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表,可以说非常简单又实用的一款...
今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano,该包画出来的火山图效果非常不错,火山图的颜值非常高,下面尝试一下 代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install("EnhancedVolcano")install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 ...
上图为默认参数画出的火山图。代码相对而言简单不少。比如,不再需要自行计算-log10后的p值;再如,默认加上了三条辅助线将所有基因(点)分组,让基因表达的差异能更直观展现。 其中p值与log2FoldChange的默认cutoff值分别是:p < 10e-6,即水平线为-log10(10e-6) = 5; ...
今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano,该包画出来的火山图效果非常不错,火山图的颜值非常高,下面尝试一下,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install("EnhancedVolcano") install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 ...
一般我们用ggplot2 绘火山图 ,但是ggplot2对于R初学者来说配置是很复杂的。EnhancedVolcano是一个使用极其简单的火山图绘制包。 # 安装EnhancedVolcano if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)) install.packages('BiocManager') BiocManager::install('EnhancedVolcano') ...
相比网站生成火山图,使用R语言生成火山图可以满足更多的要求,但相关文章不甚清晰,遂记录一下生成带标签火山图的过程,留与媛媛查阅。 效果预览 一、EnhancedVolcano安装方法 1.安装 RStudio中输入 install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano'); ...