今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象。使用EnhancedVocalno包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表,可以说非常简单又实用的一款神...
安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install("EnhancedVolcano") install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 library(BiocManager) library(tidyverse) library(EnhancedVolcano) 示例数据 #差异分析结果文件 df <- read.table("limma.txt", header = T) #目标基因文件 markergene<-read...
目录 效果预览 一、EnhancedVolcano安装方法 1.安装 2.检验 二、使用EnhancedVolcano绘制火山图 效果预览 image.png 一、EnhancedVolcano安装方法 1.安装 RStudio中输入 install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano'); 1 这里代码意义是下载Github上的EnhancedVolcano包,如果选择节点...
今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象。使用EnhancedVocalno包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表,可以说非常简单又实用的一款神...
1. 使用 包绘制火山图 1.1 基本用法 # 安装并加载所需的R包 # if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)) # install.packages('BiocManager') # BiocManager::install('EnhancedVolcano') # devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano') ...
上图为默认参数画出的火山图。代码相对而言简单不少。比如,不再需要自行计算-log10后的p值;再如,默认加上了三条辅助线将所有基因(点)分组,让基因表达的差异能更直观展现。 其中p值与log2FoldChange的默认cutoff值分别是:p < 10e-6,即水平线为-log10(10e-6) = 5; ...
R包安装if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)) install.packages('BiocManager') BiocManager::install('EnhancedVolcano') library(EnhancedVolcano) 可视化展示01 数据展示 library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex %<>% relevel('untrt')##将 Ensembl gene ID 注释为gene symb...
相比网站生成火山图,使用R语言生成火山图可以满足更多的要求,但相关文章不甚清晰,遂记录一下生成带标签火山图的过程,留与媛媛查阅。 效果预览 一、EnhancedVolcano安装方法 1.安装 RStudio中输入 install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano'); ...
## R version 3.5.2 (2018-12-20) ## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) ## Running under: Ubuntu 16.04.5 LTS ## ## Matrix products: default ## BLAS: /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3.0 ## LAPACK: /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3.0 ## ## locale: ## [...
包gridExtra给了我一个解决方案，如下面的示例所示。