小郭叨叨叨:本文档主要介绍EnhancedVolcano包及参数说明。作者 Kevin Blighe,R包信息参见Publication-ready volcano plot...
也可以绘制不同的点作为不同的形状。默认形状是圆。用户可以通过“shape”参数指定自己的形状编码,该参数接受单个或四个可能的值:如果是四个值,则这些值映射到同样由颜色指定的标准名称;如果只有一个值,则所有点都将使用该值进行变化。 更多形状信息见ggplot2 Quick Reference: shape EnhancedVolcano(res, lab = ro...
1 参数说明: file="": 引号内为文件名称,文件要放在默认文件夹下,可打开右下Fils并将文件拖入,见下图 header=T:列名默认设置。 row.names=1:将第一列作为行名,就是我们要在图中展示的标签。 sep=',':以,为分隔符,如果txt输入将参数换为" "(空格)。 示例数据: 3.使用EnhancedVolcano()语句生成火山图,...
默认的配色方案可能不符合每个人的口味。在这里，我们使得只有通过log2FC和P值阈值的变量是红色的，其他的都是黑色的。我们还调整“alpha”的值，它控制打印点的透明度：1=100%不透明；0=100%透明。也可以绘制不同的点作为不同的形状。默认形状是圆。用户可以通过“shape”参数指定自己的形状编码，该...
为了快速入门及有效展示,我们参考EnhancedVolcano的官方解说,之后会对部分参数解说,调整参数画出长在自己审美点的火山图。(因为R包EnhancedVolcano是更新的,如果参数有变,请参照报错提示修改代码) library(EnhancedVolcano)library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex%<>%relevel('untrt') ...