之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候,都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢? ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/),翻译成中文就是DNA元素百科全书,其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应,主要方法还是利用高通量的测序技术来...
随着不断发展,后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据,对数据库进一步扩充,增加了小鼠,果蝇,线虫等数据。该项目的所有数据可以通过以下链接进行查询 https://www.encodeproject.org/ 点击Data->Matrix按钮,可以看到如下所示的结果,在左侧的筛选框可以根据多种条件进行...
随着不断发展,后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据,对数据库进一步扩充,增加了小鼠,果蝇,线虫等数据。该项目的所有数据可以通过以下链接进行查询 https://www.encodeproject.org/ 点击Data->Matrix按钮,可以看到如下所示的结果,在左侧的筛选框可以根据多种条件进行筛选 筛选完成后,点击右侧矩阵中的数字,可以查看...
ENCODE是Encyclopedia of DNA Elements的缩写,是由美国人类基因组研究中心NHGRI赞助的一项国际化的合作项目,通过整合DNA, RNA,蛋白质,表观修饰等多个层次的数据,旨在建立一个全面的人类基因组数据研究的数据库。 如下图所示,整合了不同组学的数据 随着不断发展,后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据,对数据库进...
ENCODE还开发了获取这些功能元件数据信息所需的技术方法、分析这些数据所需要的软件,以及数据可视化所需的基因组浏览器。ENCODE旨在参考基因组的基础上,试图了解DNA序列信息是如何转化为不同的细胞类型、组织、器官,并最终转化为整个生物体的。ENCODE网站链接为:https://www.encodeproject.org/...
如下图所示,整合了不同组学的数据 随着不断发展,后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据,对数据库进一步扩充,增加了小鼠,果蝇,线虫等数据。该项目的所有数据可以通过以下链接进行查询 https://www.encodeproject.org/ 点击Data->Matrix按钮,可以看到如下所示的结果,在左侧的筛选框可以根据多种条件进行筛选 ...
本篇以“CDK6”为例做个演示,通过ENCODE数据库查询CDK6启动子区表观修饰。 通过实验矩阵 进入数据库主页(https://www.encodeproject.org)后,点击data -> experiment matrix。 新界面中,可选类别非常的多,需要从中选择与预期试验相符合的物种、细胞类型、组织来源、试验类型等。
第一步:访问ENCODE data portal主页(https://www.encodeproject.org/) 如图1,该页面介绍了ENCODE project所包含的各种数据类型以及数据来源,想要访问其中的数据,直接点击“Get Started” 即可。 图1,ENCODE data portal主页 第二步:筛选感兴趣实验类型和细胞系 ...
ENCODE网站链接为：https://www.encodeproject.org/图1 ENCODE网站内容示意图。1.2 ENCODE进展 ENCODE项目自从启动以来已经经历了4个阶段（图2）(Consortium et al., 2020)，目前ENCODE官网已经更新至第五版，该网站为研究人员提供了宝贵的数据资源。1）从2003年至2007年，Phase 1涉及人类基因组的1%，以评估新兴...
如果想下载所有细胞系合并后的数据,可以看LDSC这个工具里面的数据库。 LDSC paper:Partitioning heritability by functional annotation using genome-wide association summary statistics 数据库地址 baseline_v1.1_bedfiles.tgz 相关项目: Roadmap Epigenomics Project ...