(3)另外,数据库对这 1184 个基因基于对肿瘤的作用进行了区分: (4)“BROWSE”中的“pathway”可以浏览所有EMT基因相关的KEGG路径图: 点击某一个通路会显示具体的通路图,显示EMT相关基因如何参与KEGG通路。 其中红色矩形代表dbEMT 2.0中的EMT相关基因。该通路中剩余的绿色基因不包含在dbEMT 2.0中。 (5)QUERY中可以...
(3)另外,数据库对这 1184 个基因基于对肿瘤的作用进行了区分: (4)“BROWSE”中的“pathway”可以浏览所有EMT基因相关的KEGG路径图: 点击某一个通路会显示具体的通路图,显示EMT相关基因如何参与KEGG通路。 其中红色矩形代表dbEMT 2.0中的EMT相关基因。该通路中剩余的绿色基因不包含在dbEMT 2.0中。 (5)QUERY中可以...
然后,我们进行了KEGG分析,确定了前15个KEGG类别,其中缺氧、免疫和EMT相关基因明显富集。改变的缺氧相关基因大多与糖酵解有关,而改变的免疫相关基因大多与细胞因子-细胞因子受体反应有关。EMT相关的基因表现出最明显的改变,涉及到焦点粘附(图2D,H,L)。此外,当这些基因特征被结合起来时,最相关的GO和KEGG类别分别是...
最后,我们进行KEGG富集分析, SA、SPH、Mets相关的mRNAs最显著的富集是在轴突引导途径中。轴突引导基因表达增加是结肠癌转移过程中的重要特征,KEGG轴突引导表达信号与较差的总体和无复发生存率以及TCGA Coad队列中的转移和阳性淋巴结状态显著相关,表明该通路在结肠癌转移...
通过KEGG分析,本研究发现OLR1与“肿瘤中PD-L1表达和PD-1检查点通路”、“nod样受体信号通路”、“TNF信号通路”和“toll样受体信号通路”密切相关(图5B),提示OLR1可能在肿瘤免疫调节中发挥作用。此外本研究还发现OLR1与HIF-1以及NF-κB信号通路之间存在密切联系,提示OLR1可能在肿瘤发生和转移过程中发挥重要作用。而且...
GO功能富集显示细胞粘附,表皮细胞分化,细胞迁移等显著影响,表明Twist调控的下游基因表达与EMT转化直接相关。KEGG通路富集显示WNT, PI3K/AKT, NF-κB, JAK/STAT, TGF-β, Notch and Hedgehog signaling pathways显著影响。 A.表达谱芯片检测差异基因热图。B.差异基因RT-PCR验证结果...
有趣的是,PI3K/AKT通路(KEGG mmu04151)是前10个富集之一,与EMT的诱导有关(图5B)。根据之前的文献,我们首先研究了MLE-12细胞中AKT和GSK3β对放疗的响应。Western blot分析显示,单剂量8 Gy照射1小时后,AKT在丝氨酸473位点明显磷...
有趣的是,PI3K/AKT通路(KEGG mmu04151)是前10个富集之一,与EMT的诱导有关(图5B)。根据之前的文献,我们首先研究了MLE-12细胞中AKT和GSK3β对放疗的响应。Western blot分析显示,单剂量8 Gy照射1小时后,AKT在丝氨酸473位点明显磷酸化(p-AKT),同时丝氨酸9位点磷酸化GSK3β (p-GSK3β)增加,SNAIL相应增加(图...
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Log2FC: Log2 fold change mIF: Multiplex immunofluorescence OS: Overall survival PFS: Progression-free survival PI3K: Phosphatidylinositol 3-kinase rhCOL8A1: Recombinant human COL8A1 scRNA-seq: Single-cell RNA sequencing ...
d KEGG pathway analysis for all differentially regulated genes which overlap between shTRIP12-1(6392–6412) and shTRIP12-2(6427–6447) shown in (c). Pathways related to EMT are highlighted in red. Full size image Pathway analysis of the overlapped differentially regulated genes enriches for ...