(2)EMT相关风险评分、预后模型: (3)EMT与其他热点关联: 比如分析EMT相关选择性剪切 分析缺氧、免疫和EMT相关基因: 分析EMT相关lncRNA: 4.EMT相关的数据库 做EMT相关的生信分析,首先要获得EMT相关的基因集合,方法之一就是通过EMT相关的数据库。 今天给大家介绍一个通过文献汇总的和 EMT 有关的数据库: dbEMT2.
肿瘤转移一直是肿瘤研究中的热门课题,其中EMT也是肿瘤相关生信的一个热点方向。关注铁死亡的朋友应该知道铁死亡数据库FerrDb,可以用来分析基因与铁死亡表型、铁死亡与疾病的关系。那EMT同样作为一种肿瘤细胞表型…
每个模块功能不同,用于生信分析的主要是EMT Score。①EMT Signature支持用户查询已发表文献中的EMT signature,包括文献中的EMT基因(进入页面,输入基因,直接搜索即可。比较简单,不做介绍了);②EMT Genes: EMT相关基因在肿瘤中的基本特征;③EMT Interactome: EMT相关基因在肿瘤中的互作分析;④EMT Score: 研究不同肿瘤中...
(B)ROC1年、3年和5年总生存期(OS)曲线,表明基于ERG的特征比其他临床因素具有更好的预测能力。此外,当将危险评分与临床因素结合分析时,5年OS的AUC值进一步增加,这表明列线图对EC 的长期预后具有优越的预测能力。 (C)校准图显示列线图预测的生存概率与实际观察到的比例非常接近。 (D)ERG和现有EMT相关签名的AUC。
作者使用单因素Cox回归分析对22个EMT相关基因进行筛选确定了14个与生存高度相关的基因,并使用LASSO Cox回归算法开发可能的预后风险评分模型。 二.主要结果展示 1)EMT相关基因表达模式与病理特征的关系 由于已有研究表明EMT与胶质瘤恶性程度密切相关,所以在文章的第一部分作者系统地研究了胶质瘤WHO分级、IDH状态、1p/19q...
图一:在训练,测试和整个集合中鉴定和验证 EMT相关基因签名。 通过风险评分和热图重新排序的每个样本的风险曲线和散点图显示了训练集(A) ,测试集(B)和整个集(C)中低风险组和高风险组中10个ERG的表达谱。每个正方形代表一个临床样本,其颜色与基因表达有关。基因表达越高,颜色就越深(红色代表上调的基因,蓝色代表...
分析不同风险组对顺铂、阿霉素、依托泊苷、紫杉醇4种化疗药物的敏感性,并发现6个ERGs与某些化疗药物敏感性相关。 图5. EC的风险评分、ERGs和化学敏感性之间的关系 总结 看完了EMT生信分析思路,小云接着说如何破局,如果你发现你关注的肿瘤已经有相关生信文章发表了,还能分析吗?
然而,目前基于分期的临床方法不足以进行生存预测和决策。本研究旨在建立一个基于缺氧、免疫和上皮-间质转化(EMT)基因特征的评估LUAD风险的新模型。分析风险评分是否与干性评分、与m6A、m5C、m1A和m7G修饰相关的基因、免疫微环境、免疫疗法反应和多种抗癌药物敏感性相关。
分析不同风险组对顺铂、阿霉素、依托泊苷、紫杉醇4种化疗药物的敏感性,并发现6个ERGs与某些化疗药物敏感性相关。 图5. EC的风险评分、ERGs和化学敏感性之间的关系 总结 看完了EMT生信分析思路,小编接着说如何破局,如果你发现你关注的肿瘤已经有相关生信文章发表了,还能分析吗?
3.2 缺氧、免疫和EMT相关DEGs的功能分析在GO富集分析中,我们确定了与缺氧、免疫或EMT相关的基因明显富集的前5个GO类别。最明显改变的缺氧、免疫和EMT相关基因分别涉及ADP的代谢处理、信号受体激活剂活性和细胞外基质组织(图2C,G,K)。然后,我们进行了KEGG分析,确定了前15个KEGG类别,其中缺氧、免疫和EMT相关基因明显...