https://github.com/HongboDoll/TomatoSuperPanGenome 论文里提供了绝大部分的数据处理代码,很好的学习材料,今天的推文我们学习一下论文中GWAS分析的相关代码 vcf文件用到的是拟南芥的数据,下载链接 http://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/1001genomes_snp-short-indel_only_ACGTN.vcf.gz 对vcf文件进...
Alpaca: "https://github.com/tatsu-lab/stanford_alpaca" [4] self-instruct: "https://github.com/yizhongw/self-instruct" [5] alpace-lora: "https://github.com/tloen/alpaca-lora" [6] alpaca-lora: "https://github.com/tloen/alpaca-lora/blob/main/finetune.py" [7] ColossalChat: "https:...
数据分析的代码 https://github.com/HongboDoll/TomatoSuperPanGenome 论文里提供了绝大部分的数据处理代码,很好的学习材料,今天的推文我们学习一下论文中GWAS分析的相关代码 vcf文件用到的是拟南芥的数据,下载链接 http://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/1001genomes_snp-short-indel_only_ACGTN.vcf....
github 转载 IT智行领袖 9月前 48阅读 EMMAX的基因型数据格式 基因:是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段基因型:`基因型`又称`遗传型`,是某一生物个体全部基因组合的总称。它反应生物体的遗传构成,即从双亲获得的全部基因的总和。遗传学中具体使用的基因型,往往是指某一性状的基因型。两个生物只要有一个基因...
解压后即可直接用 前期需plink准备输入文件 运行命令: emmax -v -d 10 -t [tped_prefix] -p [pheno_file] -k [kin_file] -o [out_prefix] 应用:样本间亲缘关系对结果的影响比较大的时候 GEMMA 下载:https://github.com/genetics-statistics/GEMMA ...
EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为,每一个SNP对复杂性状的解释率都很低,每个组件的方差在运算中...