snp --allow-extra-chr --recode 12 --output-missing-genotype 0 --transpose --out at_snp ~/biotools/emmax/emmax-kin-intel64 -v -d 10 at_snp 这里表型数据忘记在哪里下载了,自己随便构造吧 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 head -n 20 snpOnly.recode.vcf | grep '#CHROM'...
两列,第一列是样本名,第二列是表型值 制表符分隔 EMMAX这个软件要求的表型输入格式是3列,前两列都是样本名,第三列是表型值,运用awk命令重新生成一个表型文件 cat phenotype.txt | awk '{print $1"\t"$1"\t"$2}' > pheno_emmax.txt vcf文件中的样本顺序需要和表型文件中的样本顺序一致,调整一下vcf文...
删除indel位点 只保留二等位变异位点 能分型的样本占总样本的比例至少为0.9 ~/biotools/plink19/plink --vcf snpOnly.recode.vcf --recode12 --allow-extra-chr --geno 0.1 --mac 5 --allow-no-sex --out at.snp ~/biotools/plink19/plink --allow-extra-chr --file at.snp --indep-pairwise 50 5...
~/tools/emmax-intel64 -t sevcf -o Gjout/$id -p trait/$id -k emmax_in_BN.kinf done #多线程:(使用echo将命令打印)parallel-j40<out.sh 整理成map格式 ##zhenghe.pl ###sevcf.map文件和emmax.ps文件整合 ###map文件第一列为chr,第二列为ID,第四列为位置 ###ps文件第四列为p ###ID c...
EMMAX 下载:http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html 解压后即可直接用 前期需plink准备输入文件 运行命令: emmax -v -d 10 -t [tped_prefix] -p [pheno_file] -k [kin_file] -o [out_prefix] 应用:样本间亲缘关系对结果的影响比较大的时候 ...