现在我们可以使用transeq翻译该区域并使用翻译的肽进行进一步分析。 让我们再次练习使用命令行标志(限定符)。 这里新的是-sbegin和-send。 这些允许您指定序列的子区域; 在这种情况下,我们将要求transeq仅转换我们已识别为编码区域的embl:xlrhodop部分。 你应该记得第2章中的-outseq。 [root@c04 bin] transeq embl...
emboss使用 EMBL格式 emboss使用 GenBank格式 emboss使用 Swissprot格式 emboss使用 ClustALN emboss使用 常用的一些EMBOSS程序 ●wossname●tfm●seqret●revseq●transeq●getorf●coderet●backtranseq●pepstats emboss使用 wossname
EMBOSS 软件包总结
25350.backtranseqpepstats计算蛋白的分子量氨基酸数氨基酸运用频率电荷等电点物理化学性质pepstats常用参数和类似程序常用参数:-notermini 能否包含蛋白的N和C端的电荷 -aadata s 氨基酸分子量信息的文件,缺省下用规范的氨基酸分子量类似程序有:pepinfo,iep,charge和freak等EMBOSS的用户接口JembossEmnuEMBOSS-GUIJembossEMNU...
EMBOSS软件包;EMBOSS的特点;EMBOSS软件分类;EMBOSS的输入序列格式;EMBOSS的输出文件格式;USA统一序列地址;几种常用的序列格式;FASTA格式;EMBL?格式;GenBank格式;Swissprot格式;Clust ALN;常用的一些EMBOSS程序;wossname;tfm;seqret;seqret主要参数;getorf;revseq;transeq;transeq支持的密码子表;coderet;将蛋白反向翻译成核酸...
格式 GenBank格式 Swissprot格式 Clust ALN 常用的一些EMBOSS程序 wossname tfm seqret revseq transeq getorf coderet backtranseq pepstats wossname -search 要找的关键字 -outfile f 输出结果到所给的文件 -groups 只输出程序所在的组的名字 -alphabetic 只输出程序名和简单的描述,而不显示程序所在组的名字 -[no...
GenBank格式 Swissprot格式 ClustALN 常用的一些EMBOSS程序 ●wossname●tfm●seqret●revseq●transeq●getorf●coderet●backtranseq●pepstats wossname -search要找的关键字 -outfilef输出结果到所给的文件 -groups只输出程序所在的组的名字 -alphabetic只输出程序名和简单的描述，而不显示程序所在组的名字 -[no]embos...
transeq quicktrandem etandem palindrome getorf showorf restrict silent tfscan eprimer3 primersearch stssearch 例五、plotorf程序 功能:寻找核酸序列中的读码框。 正反方向所有6种读码框都以蓝框显示出来。显示的是启始 密码子和终止密码子之间的区域。不包含启始密码子的真核 ...
常用的一些EMBOSS程序 wossname tfm seqret revseq transeq getorf coderet backtranseq pepstats emboss使用课件 来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处. 文档信息 页数:29 收藏数:0 顶次数:0 上传人:yzhluyin9 文件大小:1.48 MB 时间:2023-03-31
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