方案特点提供了needlemanwunschglobalalignment和smithwatermanlocalalignment算法一般流程提交得到结果特别提示needleglobal和waterlocal的区别当你想比较两条序列整体相似性时用needle方法 使用EMBOSS程序包比较两条序列之间的相似度 http://emboss.sourceforge.net/ 方案简述 EMBOSS是一个强大的生物信息学工具集,EMBL-EBI提供...
EMBOSS工具包介绍_xuhao
input sequence format.You can easily specify many output formats.从数据库中取回序列通过数据库entry(ID)获取database:entry如:embl:hsfau或embl:x13776提取与通配符‘*’相匹配的entry名字 (查询)database:hs*如:swissprot:pax*_human所有的entriesdatabase:*如:embl:*大多数支持以上三种方法,少数数据库不支持...
EMBOSS包含其他成对比对程序 stretcher和matcher 分别是全局和局部对齐程序,不像needle and water那么严格,因此运行得更快; 它们可能对数据库搜索很有用。 supermatcher设计用于非常大的序列的局部比对,并且在其实现中甚至不那么严格。 所有这些程序的文档页面都可以在以下位置找到http://emboss.sourceforge.net/apps/ 3...
1) 用户输入程序名needle,按回车键后开始运行。 2) 系统给出所运行程序的简单说明Needleman-Wunsch global alignment of two sequences,并提示用户输入用于比对的序列文件名Input sequence。 3) 输入第一个序列文件名HBA_HUMAN.FASTA后系统提示输入第二个序列文件名。
input sequence format.You can easily specify many output formats.从数据库中取回序列通过数据库entry(ID)获取database:entry如:embl:hsfau或embl:x13776提取与通配符‘*’相匹配的entry名字 (查询)database:hs*如:swissprot:pax*_human所有的entriesdatabase:*如:embl:*大多数支持以上三种方法,少数数据库不支持...