今天分享一个很好用的序列比对结果可视化的工具Jalview,可以是DNA、RNA也可以是组成蛋白质的氨基酸序列,不仅能完成序列比对结果的编辑、标识等,还能浏览cif和pdb这类的储存着大分子三维结构数…阅读全文 赞同7添加评论 分享收藏喜欢 有哪些好用的工具可以进行多序列比对? Data-AI4Science ...
多个序列比对可以为我们提供蛋白质分类的有价值的信息,因为它们使我们能够鉴定远缘相关蛋白质中保守的(通常很少)氨基酸残基(见图11)。 使用成对比对技术(例如BLAST)无法鉴定出如此重要的残基。 结果,由多序列比对建立的蛋白质特征通常比成对比较法在检测不同同源物方面更好。 2.2 签名类型 Signature Types 可以使用不...
1)输入序列来进行比对查看具体是哪个蛋白家族的; 2)可以输入蛋白相关的结果:结构域; 3) 也可以通过检测词来检索符合要求的蛋白家族信息; 4)同时可以基于物种来见来查找某一物种的所有蛋白家族信息。 应用举例: 如果查询想要使用和凋亡相关的有哪些蛋白,就在关键词检索里面输入:apoptosis ...
其中最著名的数据库之一是欧洲核酸数据库(ENA),它是全球最大的基因和核酸序列数据库之一。ENA不仅存储了大量的基因和核酸序列数据,还提供了一系列的分析工具和服务,帮助科学家们进行基因和核酸序列的比对、注释和分析。 另一个重要的数据库是蛋白质家族数据库(Pfam),它收集了全球范围内的蛋白质家族信息,并为科学家...
2. 用EMBL双序列比对工具(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa)对下列两条序列作两次全局比对(Needle算法),第一次设置GAP OPEN=10,GAP EXTEND=0.5;第二次设置GAP OPEN=1,GAP EXTEND=5。其他参数默认。给出两次序列比对结果页面屏幕截图。你觉得哪一次的序列比对的结果更佳,给出你的评判标准。 >seq_1 VKCRLN...