EDTA注释可以通过将EDTA固体粉末直接溶解在水中来制备。一般来说,可以使用一定比例的EDTA与NaOH或KOH来调节溶液的pH值。需注意,不同金属离子的络合能力是不同的,因此在使用EDTA注释时需选择适当的金属离子。 3.EDTA注释的使用 在生物学和分子生物学实验室中,EDTA注释可以用于以下实验: (1)细胞培养:EDTA注释可以用于...
genome.mod.EDTA.TEanno.sum: 对全基因组TE注释的总结(需要–anno 1参数)。 genome.mod.MAKER.masked: 低阈值TE的屏蔽。该文件中仅包括长TE(>= 1 kb)序列(需要–anno 1参数)。 genome.mod.EDTA.TE.fa.stat.redun.sum: 简单TE的注释偏差(需要–evaluate 1参数)。 genome.mod.EDTA.TE.fa.stat.nested....
--overwrite:如果输出文件已经存在,是否覆盖,这里指定为“1”表示覆盖 --cds:指定包含CDS序列的文件路径,这个文件通常由基因组注释文件提供 --sensitive:是否使用较为敏感的TE识别算法,这里指定为“1”表示使用 --anno:是否使用已有的基因组注释信息进行分析,这里指定为“1”表示使用 --evaluate:是否对分析结果进行评...
可以的
作者使用了水稻基因组(TIGR7/MSU7版本)中的一个修正过的TE注释版本(v6.9.5)来进行了测试。 一、安装(更新) 主要有4种方法,可以任选其一。 1. 使用conda快速安装 conda install-c bioconda edta 2. 使用Singularity快速安装(适合在集群使用) 安装
EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合性的流程工具,它整合了目前LTR预测工具结果,TIR预测工具结果,MITE预测工具结果,Helitrons预测工具结果, 从而构建出一高可信,非冗余的TE数据库,用做基因组的注释。流程图如下 image 安装 如果没有管理员权限,可以用conda进行安装。如果有管理员权限,可以尝试用...
(注释):①瞑,通“眠”。②陂薮(bē i sǒ u),陂,堤岸、湖边。薮,湖泽通称。③緼, 乱麻绳。④唼(shà ),水鸟吞食声。【小题1】解释下列词语中的划线的字.(1)转转不已(___) (2)不更颠乎(___)(3)阴布大网(___) (4)雁奴三叫(___)【小题2】用现代汉语翻译...
记得先激活EDTA环境哦! nohup: 忽略SIGHUP信号,即使当前终端关闭也能继续运行。 --genome:指定待分析的基因组序列文件路径 --species:指定待分析基因组的物种信息,这里指定为“others” --step:指定分析步骤,这里指定为“all”表示执行完整的分析流程 --overwrite:如果输出文件已经存在,是否覆盖,这里指定为“1”表示...
记得先激活EDTA环境哦! nohup: 忽略SIGHUP信号,即使当前终端关闭也能继续运行。 --genome:指定待分析的基因组序列文件路径 --species:指定待分析基因组的物种信息,这里指定为“others” --step:指定分析步骤,这里指定为“all”表示执行完整的分析流程 --overwrite:如果输出文件已经存在,是否覆盖,这里指定为“1”表示...