Cell state discovery on correlation matrices:EcoTyper 使用非负矩阵分解(NMF)来从单细胞表达数据中鉴定细胞状态。然而,由于scRNA-seq数据通常是稀疏的,直接应用NMF可能效果不佳。因此,EcoTyper 在给定细胞类型的每对细胞之间的相关矩阵上应用NMF。 Choosing the number of cell states:基于cophenetic系数确定细胞状态。...
Ecotype Discovery:识别细胞状态在样本中的共现模式,即生态型或细胞群。EcoTyper使用Jaccard指数来量化每对细胞状态在样本中的重叠程度,并应用层次聚类确定生态型。 代码流程 1.准备环境和数据 下载EcoTyper wget https://github.com/digitalcytometry/ecotyper/archive/refs/heads/master.zip unzip master.zip cd ecotyp...
EcoTyper的代码实操主要分为6个部分: image.png 那么,今天让我们一起来学习一下它的第二个部分——Recovery of Cell States and Ecotypes in User-Provided scRNA-seq Data。 代码流程 1.准备环境和数据 下载EcoTyper wget https://github.com/digitalcytometry/ecotyper/archive/refs/heads/master.zip unzip mast...
EcoTyper的代码实操主要分为6个部分: image.png 那么,今天让我们一起来学习一下它的第三个部分——Recovery of Cell States and Ecotypes in Spatial Transcriptomics data。 代码流程 1.准备环境和数据 下载EcoTyper wget https://github.com/digitalcytometry/ecotyper/archive/refs/heads/master.zip unzip master....