快来使用EcoTyper进行单细胞数据挖掘吧 早在2021的CELL文章:《Atlas of clinically distinct cell states and ecosystems across human solid tumors》就介绍了这个EcoTyper,它能根据肿瘤的单细胞转录组数据集的降维聚类分群结果,去以前常规的bulk转录组数据集(包括表达量芯片和转录组测序)里面去推断各个单细胞亚群比例后...
早在2021的CELL文章:《Atlas of clinically distinct cell states and ecosystems across human solid tumors》就介绍了这个EcoTyper,它能根据肿瘤的单细胞转录组数据集的降维聚类分群结果,去以前常规的bulk转录组数据集(包括表达量芯片和转录组测序)里面去推断各个单细胞亚群比例后汇总成为不同的细胞状态组合情况以及多细...
大约三分之二的 EcoTyper 状态可归因于先前文献中建立的基因或表型。例如,在没有先验知识的情况下,EcoTyper 鉴定了与肿瘤新血管形成有关的 ANGPTL2+/NID2+ 尖端样内皮细胞;先前在 HNSCC 中描述的两种成纤维细胞状态;具有部分 EMT 特征的上皮细胞亚群(状态 3);和与前效应、衰竭和静息表型相关的典型 T 细胞亚...
EcoTyper的应用包括从新鲜、冷冻或固定生物样本中发现表型和生物标记物；通过整合已知配体-受体对来研究细胞间信号网络；对空间转录组学数据中的多细胞群落进行探索。为了证明EcoTyper的功能，研究人员利用它来深入分析了16种具有公开的广泛的基因组和临床数据的恶性上皮肿瘤，并且选择了12种细胞类型，它们共同跨越了人类上...
EcoTyper是一个基于机器学习的工具,能够从Bulk、单细胞、以及空间分辨率的基因表达数据中大规模地识别并验证细胞状态和生态型。我们在前面的推文中介绍了EcoTyper的分析框架和部分实操,感兴趣的小伙伴可以先阅读这一部分哦。 EcoTyper的代码实操主要分为6个部分: ...
EcoTyper是一个基于机器学习的工具,能够从Bulk、单细胞、以及空间分辨率的基因表达数据中大规模地识别并验证细胞状态和生态型。我们在前面的推文中介绍了EcoTyper的分析框架和部分实操,感兴趣的小伙伴可以先阅读这一部分哦。 EcoTyper的代码实操主要分为6个部分: ...
快来使用EcoTyper进行单细胞数据挖掘吧 早在2021的CELL文章:《Atlas of clinically distinct cell states and ecosystems across human solid tumors》就介绍了这个EcoTyper,它能根据肿瘤的单细胞转录组数据集的降维聚类分群结果,去以前常规的bulk转录组数据集(包括表达量芯片和转录组测序)里面去推断各个单细胞亚群比例后...
ecotyper 样本量 EcoTyper 是一种用于分析生态数据的软件工具,它的样本量取决于你所研究的生态系统的大小、复杂性和研究目的。 在使用 EcoTyper 进行分析时,通常需要考虑以下几个因素来确定合适的样本量: 1. 研究区域的大小:如果你研究的是一个小的生态系统,那么你可能只需要相对较少的样本。然而,如果你研究的是...
EcoTyper_discovery_scRNA.R Added support for paths with spaces Apr 5, 2023 EcoTyper_recovery_bulk.R Added support for paths with spaces Apr 5, 2023 EcoTyper_recovery_scRNA.R Added support for paths with spaces Apr 5, 2023 EcoTyper_recovery_visium.R Small bug fix Jul 20, 2023 LICENSE.md...
ecotyper/diffusion-model-learningmain BranchesTags CodeFolders and filesLatest commit Cannot retrieve latest commit at this time. History11 Commits draw-with-mpl img learn-by-samples learn-noise test-field 扩散模型入门(一) 9bf4745620354c4a819dc19e85867a83 扩散模型入门(三) 43680c29cca64...