eCLIP-Seq pinpoints the exact spots where RNA-binding proteins stick to the transcriptome-covering introns, exons, and non-coding RNAs-with great precision. Enhanced Efficiency This approach ramps up ligation efficiency while cutting down on PCR duplicate reads, which really boosts both throughput and...
增强交联形免疫沉淀技术 eCLIP-seq与其他CLIP技术相比,是研究蛋白质与RNA直接结合的一种有效而强大的技术,它完全提高了鉴定RBP结合位点的能力,大大提高了连接子与RNA之间的连接效率。 eCLIP-Seq技术原理 通过紫外线交联细胞样本,导致RNA与其相互作用的蛋白之间形成更稳定的共价交联,更有助于捕获瞬时的RNA-蛋白相互作用...
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eCLIP-Seq-云序生物 核糖核酸结合蛋白(RBPs)是调控基因表达的关键角色,通过控制RNAs在细胞内被降解,加工和翻译的时间、地点和速度,在细胞生理中发挥重要作用。目前广泛使用RNA免疫沉淀(RIP)和紫外光交联和免疫沉淀(CLIP)等技术来识别RBP。增强交联形免疫沉淀技术 eCLIP-seq与其他CLIP技术相比,是研究蛋白质与RNA直接结合...
一.CLIP-seq CLIP(全称叫做Crosslinking immunoprecipitation-high-throughput-sequencing,交联免疫共沉淀)是一种分子生物学的方法,其通过结合UV交联和免疫共沉淀的方法来分析蛋白与RNA相互作用的结合位点。 Workflow。首先使用UV在体内交联RNA与蛋白复合物,UV曝光后会在相近的蛋白以及核酸之间形成共价键。随后裂解交联的细...
UCLA的Xinshu (Grace) Xiao, Ph.D.用ENCODE的RNA-seq找出622个GMAS (影响可变剪切的内含子SNV标签),又用ENCODE的eCLIP-seq数据阐释了GMAS的调控机理。 DNA序列的改变可能导致:本来应该结合的剪切因子无法结合 下面是研究RNA剪切加工的理想实验设计: 细胞核里带PolyA的RNA; 细胞质里带PolyA的RNA; 细胞核里不带Po...
CLIP-seq是一种分子生物学方法，通过结合UV交联和免疫共沉淀，分析蛋白与RNA相互作用的结合位点。之前的CLIP方法存在依赖性强、产生低复杂度文库和高失败率的问题。为了解决这些问题，发展出了eCLIP方法。eCLIP保持单核苷酸分辨率的同时，减少了不必要的PCR重复（约60%），并利用大小匹配的input controls提高...
CLIP-seq，全名Crosslinking immunoprecipitation-high-throughput-sequencing，是一种革命性的分子生物学技术，它通过紫外线交联和免疫沉淀相结合，揭示了蛋白与RNA之间互动的微观世界。其工作流程如精密的交响乐，首先通过UV交联将RNA和蛋白复合物紧密结合，形成不可逆的键结，随后细胞裂解、RNA片段化，目标蛋白...
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eCLIP(Enhanced CLIP)是一种基于ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)技术的改进方法,用于研究RNA与DNA之间的相互作用。eCLIP通过减少不必要的PCR重复和提高检测特异性,提高了ChIP-seq数据的质量。 在eCLIP数据使用过程中,主要涉及以下几个方面: 1.实验设计:为了获得高质量的eCLIP数据,需要合理设计实验。包括选择合适的细胞类型...