我用http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html?提供的ClustalW在线序列比对工具比对了大约100条序列,不知道为什么返回的结果除了其中一条显示ATCG的序列外,其余的全部显示为... 我用http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html?提供的ClustalW在线序列比对工具比对了大约100条序列,不知道为什么返...
Clustal W and Clustal X version 2.0 AVAILABILITY: The programs can be run on-line from the EBI web server: http://www.ebi.ac.uk/tools/clustalw2. The source code and executables for ... MA Larkin,G Blackshields,NP Brown,... - 《Bioinformatics》...
J. (1994) ClustalW: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22, 4673–4680. Article PubMed Google Scholar Jonassen I. (1997) Efficient discovery of conserved patterns...
EBI操作手册 1.简介 在本操作手册中，将介绍如何使用EBI（European Bioinformatics Institute）进行生物信息学研究和数据分析。EBI 是一个综合性的生物信息学资源中心，致力于为生物学研究者和科学家提供高质量的生物信息学数据、工具和服务。2.注册与登录 2.1 注册 在使用EBI之前，您需要先注册一个账户。访问EBI官方...
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EBI维持的主要公开序列数据库搜寻与分析工具有:FASTA(Smith &Waterman, 1981;http://www.ebi.ac.uk/fasta33)、BLAST(Altschul et al., 1990;http://www.ebi.ac.uk/blast2)、CLUSTALW(Thompson et al., 1994;http://www.ebi.ac.uk/clustalw/)与Smith & Waterman(Smith & Waterman, 1981;http://www....
BLAST、Exonerate、ClustalW2 BLAT、In-Silico PCR Data Repository GenBank、GEO、SRA ArrayExpress、ENA、PDBe ENCODE DNA/Genome Genome Ensembl、Genomes Ideogram、Recombination Rate、GC Content DNA/Gene Gene Ensembl UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes RNA RefSeq Ensembl mRNAs、ESTs、UniGen...
DNANexus:DNANexus专注于建立一个云计算服务器中的DNA数据库,然后以服务方式将该数据库提供给研究者和科学家。DNAnexus和谷歌开展技术合作,提供最为全面的DNA数据库,它可通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)下SRA的网站访问到这些DNA数据(2011年2月,NCBI曾宣布由于联邦政府削减经费支持逐步淘汰SRA)。
EBI很重要的一个资源就是Clustal Omega,是做多序列比对的一个资源,另外一个是InterProScan 。 就是输入一个序列,找这个序列是否包含任何已经知道的蛋白功能区域 看到这里的显示,InterProScan整合了324个新的方法, 如果没有InterPro的话,你可能就要把这300多方法一个一个地跑一遍,他们结果的格式 也不一样,还要逐...
CLUSTALW(Thompsonetal.,1994;http://.ebi.ac.uk/clustalw/)与Smith&Waterman(Smith& Waterman,1981;http://.ebi.ac.uk/MPsrch)。同时还有DALI(Holm&Sander,1997; http://.ebi.ac.uk/dali),比对蛋白质3-D结构与展示相似度的工具;GeneQuiz (http://columba.ebi.ac.uk:8765/ext-genequiz/)是一个高度...