EBI-ENA数据库 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 002、 测试下载 ascp -vQT -l 500m -P33001 -k1-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz ./ reference: 01、 SRA数据下载(通过EBI-...
ENA主页:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home ENA - home 随便搜索SRR1805951 点击PRJNA275632 ENA - PRJNA275632 这里可以看到整个数据集所有样本的fastq下载地址,随便挑几个,观察一下: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_1.fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk...
ENA主页:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home ENA - home 随便搜索SRR1805951 点击PRJNA275632 ENA - PRJNA275632 这里可以看到整个数据集所有样本的fastq下载地址,随便挑几个,观察一下: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_1.fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk...
ENA Browserwww.ebi.ac.uk/ena/browser/downloading-data ASCP下载 interproscan数据集 ascp -i /home/data/user/.ssh/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -QT -l300m -P33001 fasp-ebi@fasp.ebi.ac.uk:databases/interpro/match_complete.xml.gz ./ ascp -i /home/data/user/.ssh/asperaweb_id_ds...
ENA主页:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 生信技能树 2020/02/20 9.6K3 第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理 java 原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177 这篇文章的数据适中,不仅可以用来做RNA-seq,后面我们 戈贝尔光和热 2018/...
EBI官网:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 在EBI官网中搜索文章中的项目编号,BioProject后即为项目编号,以下图为例: 搜索结果如下,网页下拉可以看到这个project下所有的高通量数据信息: 右键测序数据文件,在新目标页中打开,得到下载地址: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR640/001/SRR6400061...
一定优先使用EBI进行下载,根据NCBI提供的 accession number在EBI中搜索 (文献中一般都会给出accession number)https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home NCBI.png ENA.png 下载fasp链接文件 (base)vip08@bio1:~/xu_rna_seq$ cat info.txt fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/008/SRR2891298/SRR2891298...
ENA主页:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home ENA - home 随便搜索SRR1805951 点击PRJNA275632 ENA - PRJNA275632 这里可以看到整个数据集所有样本的fastq下载地址,随便挑几个,观察一下: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_1.fastq.gzftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/...