一、BLAST是否能正常使用 确认方法: 准备两个存在同源片段的fasta文件,通过Powershell进行本地序列比对。如果未生成结果,则Easyfig无法正常运行的问题源于BLAST本身。 可能原因及解决方案: 1、BLAST未添加至环境变量(较少见): 打开计算机的“高级系统设置” -> “环境变量” -> “系统变量/用户变量” -> “Path”,...
1、BLAST未添加至环境变量(较少见): • 打开计算机的“高级系统设置” -> “环境变量” -> “系统变量/用户变量” -> “Path”,检查BLAST是否已添加至环境变量。如果未添加,请手动添加BLAST的安装路径。 2、动态链接库文件(.dll)缺失(较常见): • 双击BLAST应用程序(如blastn.exe)。如果出现错误提示:“...
如果是按照官网安装程序默认安装,路径是在 C 盘 Program Files 文件夹下的,而 Program Files 正好带空格。 解决方法很简单,就直接把 BLAST 文件夹拷贝一份,放到没有空格和中文的路径,让后在 Easyfig 指定新路径就行。 BLAST 默认路径: "C:\Program Files\NCBI\blast-版本号"...
easyfig可以根据输入的gbk文件,通过blast绘制线状基因组比对图。可以通过修改gbk文件来修改结果图的基因颜色。 效果图:图上不同的颜色通过修改gbk文件,中间灰色是blast的相似度,箭头代表基因和长度及方向 easyfig可以根据用户选择的区域进行绘制,特别短的基因不会展示(小于50bp的好像就没有展示了,这个大小和选择区域的大...
首先，访问Easyfig官方网站下载并安装软件。在下载页面选择适合操作系统的版本，我选择了Windows版本。安装完毕后，打开Easyfig软件。在主界面中，点击“Blast”选项，选择安装的blast软件的位置。在“Image”区域，用户可以调整绘图参数。在“Annotation”选项中，可以修改基因的颜色和基因标签。默认情况下，gene...
此时,我们点击“Generate blastn Files”。等待一段时间。这一步的目的是让序列两两比对,为下一步画树生成素材。 运行完成后,可以看到已经生成了很多比对结果(注意这个时候还不是图)PS:这步如果出错,主要原因多是本地Blast没有安装好。如果卡到这步,建议反复检查自己电脑的blast工具。
1 下载Easyfig_win_2.1.zip，软件在sourceforge，解压，双击Easyfig_win_2.1.exe即可运行。2 点击Add feature file，输入第一个要比较的基因gbk格式的注释文件，再次点击Add feature file，输入第二个要比较的基因gbk格式的注释文件。要比较更多，可以继续添加。3 点击Add blast file，输入blast+的-outfmt 6格式...
🔍 接着,下载BLASTN软件(具体步骤根据实际情况调整),并记住其安装位置,避免使用中文路径。例如,可以将BLASTN安装在D盘的根目录下。 📂 以GenBank(.gbk)格式导出你需要比较的序列文件。 🖥️ 打开EasyFig界面,点击“Add Feature Files”按钮,上传GenBank文件。然后选择“Generate TBLASTN Files”(根据具体情况选...
在使用Easyfig作图软件上传数据时，首先，您需要通过左侧框中的"add feature file"功能，将您需要对比的fasta或gb格式文件放入软件中。若计划在图像上添加注释信息，则需准备gb格式的序列文件。接下来，根据您的需求调整图像参数，完成设置后点击"generate blastn files"进行blast对比操作。一旦生成对比结果，...
用网站上面的例子1运行，如果用自带的blastn.out文件（大约3kb）就可以地出来正确的图片，但是如果用在...