1.软件下载 GitHub下载链接:https://github.com/BioEasy/EasyCodeML 此外还需要预先安装java,下载链接:https://www.java.com/en/download/ 2.软件运行 下载软件压缩包在本地解压后有如下文件,双击EasyCodeML.jar即可运行主程序 图1 EasyCode主要文件组成 2.1树文件去数值 使用到的树文件不能带任何数值,EasyCode...
四年间easycodeml历经无数次的调试和修改感谢陈程杰博士的辛勤付出也特别感谢陕西博瑞德生物科技有限公司陈振玺西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室李寒博士南京师范大学生命科学学院张麟博士和四川农业大学园艺学院陈清老师等的意见和建议使得程序日臻完善 选择压力分析之EasyCodeML完整篇...
命令行调用 EasyCodeML 跑 BSM model 多线程并行 运行实例 首先是获取 EasyCodeML 软件包(可以从 Github 上下载,不过主程序我暂时没更新上去) 随后准备好输入文件: 一个树文件,需要标记好分支(可以使用EasyCodeML可视化标记) 一个输入目录,目录中放置所有序列的Alignment,每个序列一个文件,支持多种格式,会自动转换...
核苷酸序列是实践的必要条件，然而我曾犯下一个常见错误：使用氨基酸序列而非核苷酸序列。尽管Easycodeml未报出错误，但结果却是一片空白。这是缺乏对原理理解而导致的误解，我推测可能世界上仅此一例犯此错误。对于转换文件格式，我尝试过手动方法，也参考过网络上的教程，尽管如此，我更推荐使用bilibili等...
选择压力分析之 EasyCodeML 完整篇 写在前面(By CJ): 前前后后四年有余,EasyCodeML 是我接触生信后,参与开发的第一个 Java 软件。软件的 idea 和界面设计来源于 Raindy,我负责了Coding 部分(即代码实现逻辑)。事实上,我当初应下EasyCodeML的Coding工作,只是在《生物软件交流群》(QQ群)讨论时,一腔热血。我...
需要的文件:.pml和.tree的格式文件,.tree格式文件经由MEGA进行系统发育树的构建,Figtree 另存的时候选nwick格式,自己修改为×××.tree,不然easycodeml会提示”···包括一长串数字加什么名称不一致的“的错误,要求ID命名不包含特殊字符,不多于10个字符,但实际“ID=英文+数字”多于10个无妨。 所需的是核苷酸...
EasyCodeML 是一款以CodeML为内核的、通过可视化交互式的操作进行选择压力分析的工具,并整合了CodeML中主要的基于密码子的模型(Codon-based models)。该软件由 Java 程序语言编写,并已编译好适用于 Windows、Mac OS X和 Linux三个操作系统预编译版本(其他系统操作未测试,不能保证其正常运行)。在运行 EasyCodeML前,...
1、首先，您需要从Easycodeml的官方网站下载安装包。2、下载完成后，解压缩安装包。3、进入解压后的目录。4、接下来，您需要运行Easycodem。5、在运行Easycodeml时遇到权限问题，可以使用命令赋予可执行权限。6、在Easycodeml运行时，您可以使用命令行参数来指定输入文件、输出文件、模型文件等。7、运行...
首先是获取 EasyCodeML 软件包(可以从 Github 上下载,不过主程序我暂时没更新上去) 随后准备好输入文件: 一个树文件,需要标记好分支(可以使用EasyCodeML可视化标记) 一个输入目录,目录中放置所有序列的Alignment,每个序列一个文件,支持多种格式,会自动转换为 paml 格式。当然,如果已经转化好就更好了 ...
Although a number of bioinformatics tools have been developed to facilitate the use of CodeML, these have various limitations. Here, we present a wrapper tool named EasyCodeML that provides a user‐friendly graphical interface for using CodeML. EasyCodeML has a custom running mode in ...