选择压力分析之 EasyCodeML 完整篇 写在前面(By CJ): 前前后后四年有余,EasyCodeML 是我接触生信后,参与开发的第一个 Java 软件。软件的 idea 和界面设计来源于 Raindy,我负责了Coding 部分(即代码实现逻辑)。事实上,我当初应下EasyCodeML的Coding工作,只是在《生物软件交流群》(QQ群)讨论时,一腔热血。我...
EasyCodeML 是一款以CodeML为内核的、通过可视化交互式的操作进行选择压力分析的工具,并整合了CodeML中主要的基于密码子的模型(Codon-based models)。该软件由 Java 程序语言编写,并已编译好适用于 Windows、Mac OS X和 Linux三个操作系统预编译版本(其他系统操作未测试,不能保证其正常运行)。在运行 EasyCodeML前,...
EasyCodeML provides two different running modes. The first is the preset mode, in which all key parameters of the nested models are built-in and which has pipelines for the selection analyses. The second running mode is the custom mode for experienced users. As with pamlX, the parameters for...
产品编号:D7259-100ml 数量: ¥1759.00 产品简介 使用说明 相关文件下载 相关产品 相关论文 产品问答 碧云天的Easy-Load™ PCR Master Mix(Orange, 2X)是一种使用特别便捷的含有橙色染料(电泳位置约50bp)的2倍浓度的PCR预混液,含有2X Taq DNA Polymerase、2X PCR Buffer、2X dNTP和2X Loading Buffer,只需加...
Although a number of bioinformatics tools have been developed to facilitate the use of CodeML, these have various limitations. Here, we present a wrapper tool named EasyCodeML that provides a user‐friendly graphical interface for using CodeML. EasyCodeML has a custom running mode in ...
Product Solutions Resources Open Source Enterprise Pricing Search or jump to... Sign in Sign up BioEasy / EasyCodeML Public Notifications Fork 20 Star 79 Code Issues 2 Pull requests Actions Projects Security Insights Files master CodeMLSrc Custom Example Preset inPath outPath Citation....
GitHub下载链接:https://github.com/BioEasy/EasyCodeML 此外还需要预先安装java,下载链接:https://www.java.com/en/download/ 2.软件运行 下载软件压缩包在本地解压后有如下文件,双击EasyCodeML.jar即可运行主程序 图1 EasyCode主要文件组成 2.1树文件去数值 ...
首先是获取 EasyCodeML 软件包(可以从 Github 上下载,不过主程序我暂时没更新上去) 随后准备好输入文件: 一个树文件,需要标记好分支(可以使用EasyCodeML可视化标记) 一个输入目录,目录中放置所有序列的Alignment,每个序列一个文件,支持多种格式,会自动转换为 paml 格式。当然,如果已经转化好就更好了 ...
The pipeline can be run locally ensuring data protection, on a cluster or with Google-Colab [40], which has successfully been used for deep learning projects [41] making it usable for those with limited computational resources. We provide the pipeline as one package in a Docker image [42] ...
EasyCodeML运行流程如上图所示 1. 数据准备(序列文件、树文件及其标记) (1)用于选择压力的序列文件必须是比对后的PML,如果格式尚未转换,可以通过EasyCodeML工具栏下的“Sequence Format Convertor”进行转换,支持拖曳操作,自动识别序列格式类型;如果核苷酸序列,则序列长度必须是3的倍数(Codon方式比对)。