首先是表达矩阵下载,咱们可以直接从ArrayExpress官网下载。 也可以用服务器下载,可能会快不少:axel [目标地址] 临床信息需要从原文附件Supplementary Table1中下载。 探针注释文件可以从UCSC上下载(具体参考【R>>探针ID转换】GB_ACC2SYMBOL(简书))。 2 数据整理 通过上面下载表达矩阵、临床信息、探针注释文件,我们获得...
根据给出的信息,在处理e-mtab-1980数据时,可能需要进行以下步骤: 1.数据下载:首先需要从相应的数据来源(如ENA数据库或其他数据存储库)下载e-mtab-1980数据集。下载的数据可能以某种文本格式(如FASTQ格式)或表格格式(如CSV格式)进行存储。 2.数据清洗:下载的数据可能包含一些无效或错误的观测值,需要进行数据清洗。
e-MTAB-1980是一个公开可用的数据集,包含了来自人类心脏研究的基因表达数据。数据处理对于从这个数据集中获取有用信息非常重要。这些数据可以用于心脏疾病的研究,例如血管疾病、心绞痛和高血压等的发展。 首先,对于这个数据集,我们需要先导入数据并进行预处理。预处理包括数据清洗、填补缺失值和标准化等步骤。数据清洗主...
本次我们要处理的是ebi旗下的ArrayExpress数据库的E-MTAB-11450,其官方链接:https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-11450 有意思的是它也没有公开其单细胞转录组数据集的表达量矩阵,所以就需要从fastq文件开始,那就是可以看到: E-MTAB-11450.sdrf.txt 里面就有全部的样品的fq文件的ft...
本次我们要处理的是ebi旗下的ArrayExpress数据库的E-MTAB-11450,其官方链接:ebi.ac.uk/biostudies/ar 有意思的是它也没有公开其单细胞转录组数据集的表达量矩阵,所以就需要从fastq文件开始,那就是可以看到: E-MTAB-11450.sdrf.txt 里面就有全部的样品的fq文件的ftp下载路径: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol...
https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-12043/sdrf?full=true 可以看到是6个样品的10x技术空间单细胞,但是有24次双端测序,所以是48个数据文件。而且是很标准的10x技术的空间单细胞转录组: 其中6个图片的路径是: 代码语言:javascript ...