接下来的例子也是在 DP-GEN管理节点-LBG_DP-GEN_0.10.4_v1 的节点上完成的。 init有两个子命令,一个是init_bulk,另一个是init_surf,顾名思义,根据体系是bulk还是surface来选择使用二者之一。 这里以Li-Si晶体结构为例,讲解init_bulk的用法。你可以在完成后进一步尝试init_surf构建表面体系的初始数据
{ "type_map": ["H"," O"], # 初始数据集中所包含的元素,顺序与npy数据中的一样即可 "mass_map": [1,16], # 元素的相对原子质量 "init_data_prefix": "../", # 初始数据集路径中的前缀 "init_data_sys": ["00data/training_data/H2O1" # 初始数据集路径除前缀后的部分。所以我的初始数据...
1：在dpgen run的这一步中，param.json中的init_data_sys是否可以把不同氧化物的初始数据集写入；2...
请教老师们，在使用DP-Gen产生初始数据集（即dpgen init_bulk）时，出现了如下报错，说我的poscar文件...
remote and dispatcher:自动提交脚本、维护作业队列和收集结果的源代码, 已集成到dpdispatcher; database:用于收集DP-GEN生成的数据并与数据库接口的源代码。 四、命令与格式 dpgen TASK PARAM MACHINE TASK是关键字,PARAM和MACHINE都是JSON格式文件。 init_bulk : 生成bulk体系的初始数据...
"coll_ndata": 5000, "type_map" : [ "Mg", "Al"], "_comment": "that's all"} 如果想给init_bulk任务指定起始结构,可以在PARAM设置: "from_poscar": true, "from_poscar_path": ".../C_mp-47_conventional.POSCAR", init_bulk功能支持调用VASP和ABACUS软件进行第一性原理计算,可以在init_fp_s...
argument path: init_bulk_jdata/md_nstep Steps of AIMD in stage 3. If it’s not equal to settings via NSW in md_incar, DP-GEN will follow NSW. coll_ndata: type: int argument path: init_bulk_jdata/coll_ndata Maximal number of collected data. type_map: type: list[str], optional ...
argument path:init_reaction_jdata/qmkeywords Gaussian keywords for first-principle calculations. e.g. force mn15/6-31g** Geom=PrintInputOrient. Note that “force” job is necessary to collect data. Geom=PrintInputOrient should be used when there are more than 50 atoms in a cluster....
dpgen init_surf: Generating initial data for surface systems. dpgen init_reaction: Generating initial data for reactive systems. dpgen simplify: Reducing the amount of existing dataset. dpgen autotest: Autotest for Deep Potential. For detailed usage and parameters, readDP-GEN documentation. ...
init_surf : Generating initial data for surface systems. run : Main process of Deep Generator. test: Auto-test for Deep Potential. db: Collecting data from DP-GEN. Download and Install One can download the source code of dpgen by git clone https://github.com/deepmodeling/dpgen.git then...