今天给大家介绍一款在R语言中的工具DoubletFinder。首先看下包的安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 install.packages(“devtools”)devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')install.packages(“Seurat”)i
验证安装是否成功: 安装完成后,你可以通过尝试导入该库来验证其是否成功安装。在Python解释器或脚本中,输入以下代码: python import doubletfinder 如果没有出现任何错误消息,则表明doubletfinder已成功安装。 另外,如果你想了解更多关于doubletfinder的使用方法和功能,可以查阅其官方文档或GitHub仓库(如果存在的话)。通...
DoublebletFinder实战 首先,你需要安装DoubletFinder这个R包。可以用小果前面介绍的神器devtools从GitHub上下载并安装它: devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 安装好了之后,就可以加载这个包了: library(DoubletFinder) 这里我们选择了一套包含4000多个细胞的人类肾脏样本作为示例数据: https:...
DoublebletFinder实战 首先,你需要安装DoubletFinder这个R包。可以用小果前面介绍的神器devtools从GitHub上下载并安装它: devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 安装好了之后,就可以加载这个包了: library(DoubletFinder) 这里我们选择了一套包含4000多个细胞的人类肾脏样本作为示例数据: https:...
软件安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 remotes::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 10X PBMC数据实测 测试数据来源于10x genomics官网的示例数据集。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 数据下载链接:https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/3.0...
软件包安装很简单,github模式安装即可: ## 载入需要的程辑包:DoubletFinder if(!require(DoubletFinder)) remotes::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 数据读取 这里我们使用 pbmc3k 的数据集来做例子,完成整个分析过程,这里我们需要调用 Seurat 软件包来完成数据的处理工作。数据读入如下: ...
上面就是简单的seurat流程,这是按照seurat V4跑的。安装下最新的DoubletFinder包。看看函数的参数:我们将整个流程包装在了函数里面: #之前的卸载了,咱们用最新的测试# remotes::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')# library(DoubletFinder) ...
> library(hdf5r) 成功! 直接从install.packages安装DoubletFinder会需要更新RcppTOML版本,所以选择从GitHub安装 > remotes::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder',update=F) > library("DoubletFinder") 成功!
===安装=== devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') ===使用测试=== library(tidyverse) library(Seurat) library(DoubletFinder) ###我们还用经常用的pbmc数据来测试一下 pbmc <- readRDS("pbmc.rds") ###寻找最优pK值 sweep.res.list...
首先,你需要安装DoubletFinder这个R包。可以用小果前面介绍的神器devtools从GitHub上下载并安装它: devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 安装好了之后,就可以加载这个包了: library(DoubletFinder) 这里我们选择了一套包含4000多个细胞的人类肾脏样本作为示例数据: ...