富集分析气泡图dotplot, 本脚本只需要一个表格数据(如果是clusterProfiler包输出的富集分析结果可直接使用),也可以是其他软件工具的结果,按需改成本脚本所需格式即可。 结果展示:数据格式: (列名必须设置为…
步骤1:安装和加载必要的R包 首先,确保你已经安装了ggplot2包。可以使用以下代码安装和加载该包: # 安装ggplot2包install.packages("ggplot2")# 如果还没有安装,取消注释这一行# 加载ggplot2包library(ggplot2)# 加载ggplot2包,以便使用其功能 1. 2. 3. 4. 步骤2:准备数据 在绘制Dotplot之前,我们需要准备好...
使用正确的函数名称 在加载了lattice包之后,应该可以正常使用dotplot函数了。如果还是找不到函数,可能是因为函数名称发生了变化。在最新的版本中,dotplot函数可能被更改为其他名称,可以查看包的文档或者搜索相关信息来获取正确的函数名称。 通过以上操作,应该能够解决R语言找不到dotplot函数的问题。记得及时更新包和查看文...
(3)scCustomize一键式得到聚类点图 一 载入R包,数据 仍然使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复anno即可获取 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(Seurat)library(tidyverse)library(scCustomize)# 需要Seurat版本4.3.0library(viridis)library(RColorBrewer)library(gridExtra)load("sce...
安装R 包 # install.packages("devtools") # or # devtools::install_github("Simon-Leonard/FlexDotPl library(FlexDotPlot) 加载数据 FlexDotPlot 包采用数据框作为输入:前两列包含沿 x 和 y 轴分布的两个因子,后跟要显示的相应定量和/或定性数据: 用户可以指定在 doplot 上显示哪个因素以及每个因素应如何...
加载必要的R包(如clusterProfiler、enrichplot、ggplot2),完成KEGG富集分析后,使用dotplot函数生成基础图形。默认参数下,纵轴通路的标签可能因文本长度或条目数量导致间距拥挤,需针对性调整。 调整图形布局参数 1.纵轴标签边距:通过theme函数修改axis.text.y的边距参数margin,例如element_text(margin= margin(r = 15, un...
Seurat是一款用于单细胞RNA测序数据分析的流行R包,它提供了丰富的功能和可视化工具,帮助研究人员挖掘单细胞数据中的模式和趋势。其中,Seurat中的dotplot可视化工具是一种常用的可视化方法,用于展示基因在不同细胞群体中的表达情况。本文将对Seurat中的dotplot进行解读,包括其基本原理、使用方法、数据解读和注意事项。 一...
但是用他提供的画图代码没有能够画出图来。因为他用到了一个dot_plot()函数,没有找到这个函数是怎么来的。既然已经拿到了数据,就用ggplot2自己来画吧 读入数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)head(data.final) ...
cols = c("lightgrey", "blue"),#绘图颜色,可以是RColorBrewer包中的调色板名称,也可以是自定义的渐变,默认是lightgrey到blue渐变 col.min = -2.5,#缩放后平均表达的颜色最小阈值 col.max = 2.5,#缩放后平均表达的颜色最大阈值 dot.min = 0,#绘制最小点的细胞分数(默认为0),所有表达给定基因的细胞组...
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。 Step2. 绘图数据的读取 data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注释:header=T表示数据中的第一行是列名,如果没有列名就用header= F Step3.绘图所需package的安装、调用 ...