1、观察点的分布：首先观察整个dotplot图，注意点的分布情况，点通常按照某种顺序或随机的方式分布在整个图上。2、确定变量之间的关系：观察点之间的连线或趋势线，确定两个变量之间的关系，如果存在明显的趋势或模式，说明变量之间可能存在相关性或依赖关系。3、确定异常值：观察点在图上的位置，确定是否...
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap集中 ,在Seurat中均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。之前 scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图介绍了一种绘制惊艳umap图的方式;在跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不...
另,回想之前修改的一个dotplot的代码,其实可以直接使用df<-p$data来获取表达数据。
注意我在DotPlot()中用的assay是'integrated',使用的是整合后的数据来绘制的气泡图,经过Jimmy老师指点,再用没有整合的数据来画这个图是什么效果呢? DotPlot(sce_combine_res0.6,features=genes_to_check,assay='RNA',#注意,差别在这儿cols=c('lightgrey','red'))+theme(axis.text.x=element_text(angle=45,...
我们一般进行富集分析,一般的做法都是: # 先得到上调的差异基因gs_up,可以先不进行pvalue、qvalue的过滤up<-enrichGO(gene=gs_up,keyType='ENSEMBL',OrgDb=org.Hs.eg.db,ont="BP",pAdjustMethod="BH",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1,readable=TRUE)dotplot(up,showCategory=10,title="EnrichmentGO_BP")...
R语言学习 - 富集分析泡泡图刚一出品,Y叔就说有硬伤。Y叔是著名富集分析软件clusterprofiler的原创,而且软件内集成dotplot,enrichmap,cnetmap(后续也实现这两个的一步出图)等画图方法,具体看这个教程http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/ 或Biobabble公众号。
clusterProfiler最早的dotplot是用来比较不同实验组的富集结果,而单一的富集分析结果使用barplot来展示,后来有用户feature request,于是dotplot也可以用于单一富集分析结果, barplot柱子的长度可以是基因的数目或者是gene ratio,而颜色可以通过p值来填充,dotplot是类似的,点的位置和颜色与barplot是对应的,但dotplot更好在于...
首先，读者可以利用Seurat包的DotPlot函数绘制基本点图，随后，通过调整颜色、大小、方向等参数，进一步美化点图。在Seurat中，可以利用ggplot2的特性，如`coord_flip`实现坐标翻转，通过`theme`调整坐标轴字体和角度，通过`guide`和`scale`调整图例和颜色等。这种调整使得点图更加符合科学文献中的风格，增加...
1Dotplots-序列相似性的作图分析利用计算机比较序列利用计算机比较序列现在用计算机进行序列比较已经达到了很快的速度,我们只现在用计算机进行序列比较已经达到了很快的速度,我们只需选择不同的参数,然后查看所得结果,直到得出令人满意需选择不同的参数,然后查看所得结果,直到得出令人满意的结果。我们只需要记住一个很简单...
我也遇到了！蹲答案