医学图像大多数情况下是dicom格式,有时候我们需要转换成nii或nii.gz格式方便使用,方法有很多,现在利用Python进行转换操作,代码如下: import SimpleITK as sitk ''' 功能:读取filepath下的dcm文件 返回值:读取得到的SimpleITK.SimpleITK.Image类 其他说明: file = sitk.ReadImage(filepath) 获取基本信息,大小,像素间距...
有conda,conda install -c conda-forge dcm2niixon Linux, MacOS or Windows. 有pip,python -m pip install dcm2niixon Linux, MacOS or Windows. 这两种方法安装最简单,但不一定有效。比如,我在 mac 上使用这两种方法安装后,转 nii 时,总会提示下图错误 但是在 linux 上这样安装是可用的。 如果上述安装...
Python代码:把每个序列的所有dicom文件保存成nii文件,并保留原始的tag信息 导入需要的包 #edited byNickYu2020.10.23importnumpyasnpimportSimpleITKassitkimportpydicomimporth5pyimportosimportnibabelasnibimportdicom2nifti 定义函数 defdicom2Nii(folderPath,savefolder):''' dicom序列转成3维的nii文件,并保留原始的dic...
"")DCE_MR=os.path.join(tmp_MRI_path,str2)every_niidata=os.path.join(_renii_path,every_nii)print(every_niidata)save_rDCE=os.path.join(_rdicom_path,str1)ifnotos.path.exists(save_rDCE):os.makedirs(save_rDCE)print("create-->"+save_rDCE+"-->successfully!!")else:...
dicom和nii很复杂。 在网上找了好几个小时,很少有自己能够解释清楚的。 单个图片转dcm 推荐下载这个软件: dicom-converter官网 缺点:只能把一张图片转化为nii格式 python代码转: 主要之前使用matlab对numpy数组存放方式不是很了解.应该是[z,x,y]这样在itksnamp上看就对了 ...
目前网上有的dicom转nii的方法包括spm12,fsl,freesurfer,mricon,python代码等方法,但是存在各种各样的问题,例如批处理慢,文件结构不清晰等,因此这里推荐通过dcm2bids的公开代码包来实现转换,这一方式的优势在于转换之后的文件层级清晰,并且可以实现批处理,批处理不会出现问题,而且不需要对dicom进行整理 ...
人工智能, DICOM-RT struct使用python脚本转换为nii.gz, , 其实Github上有很多这样的库和脚本,但是都大同小异,掌握关键那部分代码
python用SimpleITK+pydicom将4dnii图像转为单张dicom,并重新添加图像头信息_pydicomMi**无痛 上传2.72 KB 文件格式 rar 用SimpleITK+pydicom 将4dnii图像转为单张dicom,并重新添加图像头信息!点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:30 积分 电信网络下载 yolo图像增强 旋转,平移 ...
有pip,python -m pip install dcm2niixon Linux, MacOS or Windows. 这两种方法安装最简单,但不一定有效。比如,我在 mac 上使用这两种方法安装后,转 nii 时,总会提示下图错误 但是在 linux 上这样安装是可用的。 如果上述安...
有pip,python -m pip install dcm2niixon Linux, MacOS or Windows. 这两种方法安装最简单,但不一定有效。比如,我在 mac 上使用这两种方法安装后,转 nii 时,总会提示下图错误 但是在 linux 上这样安装是可用的。 如果上述安装方法不行,试试以下两种方法,稍微复杂一些。