-out 后接数据库名,自己起一个有意义的名字,以后blast+搜索时要用到的-db的参数 -logfile 日志文件,如果没有默认输出到屏幕 资源消耗 1 blastx -querytest.merged.transcript.fasta -db nr -outtest.blastx.out 其中fasta文件只有19938行。 可是运行起来耗费了很多资源: 平均内存消耗:51.4
刚才下载的nr库就是蛋⽩库，blastx就是⽤来将核酸序列⽐对到蛋⽩库上的。（nt就是核酸库）因为我们下载的是已经建好索引的数据库，所以省去了makeblastdb的过程。常见的命令有下⾯⼏个：-query <File_In> 要查询的核酸序列 -db <String> 数据库名字 -out <File_Out> 输出⽂件 -evalue <Real>...
第二步 解压 tar xzf diamond-linux64.tar.gz Dimaond的使用 1.建库 和BLAST使用方法是一样,Diamond比对的第一步就是建库。但是Diamond的建库只支持蛋白质序列,提供一个数据库的蛋白质fasta文件,首先下载好相应的数据库,解压,之后开始建库。建库需要使用makedb(以nr数据库为例) diamond makedb --in nr.fa --...
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 45811 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。
diamond 的功能是将蛋白序列或者其翻译后的核苷酸和蛋白质数据库进行比对,与blast相比功能单一,但也让它的使用格外的简单。 不推荐将核苷酸序列与蛋白质数据库进行比对,因为可能有许多序列是比对到非编码序列上的,利用蛋白质数据库进行比对,将导致假阴性过高。 下载nr数据库并建库 具体命令如下: wget ftp://ftp.ncbi...
我们通过系统地将DIAMOND(v2.0.7)的性能与BLASTP(v2.10.0)和MMSeqs2(版本11)以及DIAMOND的早期版本(v0.7.12)进行比较,展示了DIAMOND的搜索能力,这些工具目前是生命之树尺度灵敏蛋白质搜索最有希望的替代方案(图1)。为了创建一个涵盖生命之树全部多样性的注释蛋白质序列的基准数据集,我们下载了NCBI nr数据库(2019...
nohup diamond blastx -e 1e-5 \ -d ~/database/blastDB/nr/diamond/nr \ -q ~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa \ -f 6 -o ./dna_matches.txt & 命令参数解读: -e 1e-5# 比对得分期望的E 值为0.00005 -d ~/database/blastDB/nr/diamond/nr# nr数据库 ...
-d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0...
nohup diamond blastx-e1e-5\-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr \-q~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa \-f6-o./dna_matches.txt& 命令参数解读: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -e1e-5# 比对得分期望的E值为0.00005-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr # nr数据库-...
-d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0...