BLAST search pages under the Basic BLAST section of the NCBI BLAST home page(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)use a standard set of BLAST databases for nucleotide, protein, and translated BLAST searches. These da
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 45811 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。
刚才下载的nr库就是蛋⽩库，blastx就是⽤来将核酸序列⽐对到蛋⽩库上的。（nt就是核酸库）因为我们下载的是已经建好索引的数据库，所以省去了makeblastdb的过程。常见的命令有下⾯⼏个：-query <File_In> 要查询的核酸序列 -db <String> 数据库名字 -out <File_Out> 输出⽂件 -evalue <Real>...
旧版本DIAMOND(v0.7.12,使用默认和--sensitive模式)、MMSeqs2(版本11,使用灵敏度参数s=1.0、2.5、6.0、7.5以及s=7.5且带有--max-seqs 100000的模式)、BLASTP(v2.10.0)和QuickBLAST(v0.0.0)之间进行了计算加速和比对灵敏度的比较。
之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format。 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 默认是0,也就是会输出比对
# 构建数据库索引 nohup diamond makedb--in./nr-d nr 比对 nohup diamond blastx-e1e-5\-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr \-q~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa \-f6-o./dna_matches.txt& 命令参数解读: 代码语言:javascript
...网址:https://github.com/bbuchfink/diamond 5.2 软件安装使用 1 软件安装 #bioconda 安装 mamba install -y diamond #现在预编译程序...2、物种鉴定 #检查数据库版本 diamond dbinfo -d /nr_diamond/nr.dmnd diamond dbinfo -d /diamond_20210825/nr.dmnd #diamond...比对 diamond blastx -q P15....
diamond:加速的BLAST兼容的本地序列比对器 介绍DIAMOND是用于蛋白质和翻译后的DNA搜索的序列比对器,旨在用于大序列数据的高性能分析。 主要功能是: BLAST以100x-10,000x的速度对蛋白质和翻译的DNA进行成对比对。 移码比对,用于长时间阅读分析。 资源需求低,适合在标准台式机或笔记本电脑上运行。 各种输出格式,包括成...
# 构建数据库索引 nohup diamond makedb --in./nr -d nr & # 比对 nohup diamond blastx -e 1e-5 \ -d ~/database/blastDB/nr/diamond/nr \ -q ~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa \ -f 6 -o ./dna_matches.txt & 命令参数解读: ...
6 = BLAST tabular(这个是最常用的格式,也是默认输出格式) 100 = DIAMOND alignment archive (DAA) 101 = SAM 对格式6有详细说明Value6may be followed by a space-separated list of these keywords它是由以下这些关键词组成的、用空格分隔的列表,包括这些列:qseqid meansQuerySeq-id ,qseqid指的是要查询/...