DGL-LifeSci安装 pip install dgllife 基于Attentive FP可视化训练模型 导入库 importmatplotlib.pyplot as pltimportosfrom rdkitimportChemfrom rdkit.Chemimportrdmolops, rdmolfilesfrom rdkitimportRDPathsimportdglimportnumpy as npimportrandomimporttorchimporttorch.nn as nnimporttorch.nn.functional as Ffrom t...
from dgllife.utilsimportmol_to_complete_graph,mol_to_bigraph from dgllife.utilsimportatom_type_one_hot from dgllife.utilsimportatom_degree_one_hot from dgllife.utilsimportatom_formal_charge from dgllife.utilsimportatom_num_radical_electrons from dgllife.utilsimportatom_hybridization_one_hot from d...
准备神经网络,dgl-life自带了已经搭好的神经网络,把自己的数据丢进去训练就行了。 from dgllife.model.model_zoo.gcn_predictor import GCNPredictor device='cpu' gcn_net = GCNPredictor(in_feats=n_feats, hidden_feats=[60,20], n_tasks=ncls, predictor_hidden_feats=10, predictor_dropout=0.5) gcn_net...
【摘要】 DGL团队发布了以生命科学为重点的软件包DGL-LifeSci。 尝试使用新的DGL--LifeSci并建立Attentive FP模型并可视化其预测结果。 基于深度图学习框架DGL 环境准备 PyTorch:深度学习框架 DGL:基于PyTorch的库,支持深度学习以处理图形 RDKit:用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式 DGL-... DGL团队发布了以...
DGL-LifeSci是基于DGL的软件包,可用于具有图神经网络的生命科学中的各种应用程序。 我们提供各种功能,包括但不限于用于图形构造,特征化和评估的方法,模型架构,训练脚本和预训练模型。 有关社区贡献者的列表,请参见。 有关在DGL-LifeSci中实现的工作的完整列表,请参见。 安装 要求 DGL-LifeSci应该致力于 所有...
图卷积神经网络(GCNN)预测分子药物致突变性:DGL&DGL-life - 知乎 (zhihu.com) 1 关于DataLoader中定义collate defcollate(sample):graphs,labels=map(list,zip(*sample))batched_graph=dgl.batch(graphs)# 它将多个单独的图合并为一个大图 以便一次性处理多个图batched_graph.set_n_initializer(dgl.init.zero_...
官网:DGL-LifeSci: Bringing Graph Neural Networks to Chemistry and Biology import dgllife import torch from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # Load SMILES from a txt file. a = dgllife.utils.load_smiles_from_txt('bace.smi') ...
DGL-LifeSci should work on all Linux distributions no earlier than Ubuntu 16.04 macOS X Windows 10 It is recommended to create a conda environment for DGL-LifeSci with for example conda create -n dgllifepython=3.6 DGL-LifeSci requires python 3.6+, DGL 0.7.0+ and PyTorch 1.5.0+. ...
It is recommended to create a conda environment for DGL-LifeSci with for example conda create -n dgllife python=3.6 DGL-LifeSci requires python 3.6+, DGL 0.7.0+ and PyTorch 1.5.0+. Install pytorch Install dgl Additionally, we requireRDKit. The easiest way to install RDKit is ...
.. autoclass:: dgllife.data.USPTOCenter :members: __getitem__, __len__ :show-inheritance: .. autoclass:: dgllife.data.USPTORank :members: ignore_large, __getitem__, __len__ :show-inheritance: Adapting to New Datasets for Weisfeiler-Lehman Networks ``` .. autoclass:: dgllife.data....