数据集中每个元素都有一个图和一个标签,因此GraphDataLoader将为每个迭代返回两个对象。第一个是批处理的图,第二个是一个标签向量,标签向量代表的是该小批量图中每个图的类别。 it = iter(train_dataloader) batch = next(it) print(batch) batched_graph, labels = batch print('Number of nodes for each ...
值的一提的是,现在的dataloader用的是.EdgeDataLoader,它可以返回一个pos_graph,一个neg_graph和一个block,pos_graph和neg_graph中的节点与block中output节点是一样的,所以输入block以后得到的节点output embedding就是这两个图中节点的embedding,但是这两个图中分别存储的是正向的边关系,和负边关系。 classNegativeS...
importdglimporttorchfromdgl.dataloadingimportGraphDataLoader# 数据导入dataset=QM7bDataset()num_tasks=dataset.num_tasks# 创建 dataloadersdataloader=GraphDataLoader(dataset,batch_size=1,shuffle=True)# 训练forepochinrange(100):forg,labelsindataloader:# 用户自己的训练代码pass 2、处理节点分类数据集 与整图分...
1 关于DataLoader中定义collate defcollate(sample):graphs,labels=map(list,zip(*sample))batched_graph=dgl.batch(graphs)# 它将多个单独的图合并为一个大图 以便一次性处理多个图batched_graph.set_n_initializer(dgl.init.zero_initializer)batched_graph.set_e_initializer(dgl.init.zero_initializer)# 边特征...
Deep Graph Library (DGL) 是一个在图上做深度学习的框架。在0.3.1版本中,DGL支持了基于PyTorch的化学模型库。如何生成分子图是我感兴趣的。 环境准备 PyTorch:深度学习框架 DGL:用于图上的深度学习,支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDKit:用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式 ...
[GraphBolt][CUDA] Make dataloader pickleable. (#7391) 5个月前 python [GraphBolt][CUDA] Incremental GPU graph cache intogb.Dataloader. (#7475) 4个月前 script [dev] limit numpy < 2.0.0 for compatibility (#7479) 4个月前 src [Feature] Add check forNNZinCOOToCSR(#7459) ...
Deep Graph Library (DGL) 是一个在图上做深度学习的框架。在0.3.1版本中,DGL支持了基于PyTorch的化学模型库。如何生成分子图是我感兴趣的。 环境准备 PyTorch:深度学习框架 DGL:用于图上的深度学习,支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDKit:用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式 ...
DGL提供了DistGraph、DistTensor和DistEmbedding抽象供训练进程访问在远端的图、点/边的特征和嵌入。DGL还提供了DistDataLoader,方便用户为批次训练做分布式采样。 DGL同时也对整个分布式技术栈进行了多个优化。例如,当采样器和目标服务器处在同一服务器时,它们之前可以通过本地共享内存进行通信,而不是使用IPC或者TCP/IP网...
batched_graph = dgl.batch(graphs) return batched_graph, torch.tensor(labels) 正如打包 N 个张量得到的还是张量,dgl.batch 返回的也是一张图。这样的设计有两点好处。首先,任何用于操作一张小图的代码可以被直接使用在一个图批量上。其次,由于 DGL 能够并行处理图中节点和边上的计算,因此同一批量内的图样本...
graphs)对应此功能,以下文档也相应地进行了修改:在《用户手册》中新增了一章《Using GPU for Neighborhood Sampling》,介绍了何时以及如何使用这一新功能。在NodeDataLoader代码中新增了API文档。CPU上消息传递内核的加速 CPU上GNN消息传递的GSpMM内核的核心代码在0.7版中进行了改写增强。新的内核对CSR矩阵进行操作,...