使用results()中的contrast提取结果表并将其存储到名为res_tableKD的变量中。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## Define contrasts,extract results table and shrink log2 fold changes contrast_kd<-c("sampletype","MOV10_knockdown","control")res_tableKD<-results(dds,contrast=contrast...
使用results()中的contrast提取结果表并将其存储到名为res_tableKD的变量中。 ##Definecontrasts,extractresultstableandshrinklog2foldchanges contrast_kd<-c("sampletype","MOV10_knockdown","control") res_tableKD<-results(dds,contrast=contrast_kd,alpha=0.05) res_tableKD<-lfcShrink(dds,contrast=contrast_...
plotMA(deseq2Results) 1. 2. 用ggplot2画MA plot 1、使用ggplot2仿着plotMA 绘图结果如下, 绘图代码如下, library(ggplot2) library(scales) # needed for oob parameter library(viridis) # 1.将DESeq结果转换为dataframe deseq2ResDF <- as.data.frame(deseq2Results) # 2. 对gene添加“是否呈现显著...
DESeq()函数的运算耗时一般小于30s,results()函数提取现成结果非常快可不用并行运算。执行并行运算的方法一是使用DESeq()中parallel= TRUE,BPPARAM=MulticoreParam(4)两个参数;方法二是在分析前注册4个核心,然后DESeq()函数就可以并行运算了,这里设置4个核心。 #并行运算; #library("BiocParallel") #register(Mu...
# 进行差异表达分析 dds <- DESeq(dds) # 查看结果的名称 resultsNames(dds) # [1] "Intercept" "group_tumor_vs_normal" # 提取差异表达结果,进行对比,这里contrast参数指定了对比的组别 # contrast参数必须写成下面三个元素的向量格式,且顺序不能反 res <- results(dds, contrast = c("group", rev(...
csv(ALL_DEG,file = 'test_DEG_results.csv') 二、3种差异分析结果比较 由于本次样品两组间差异十分显著,差异基因很多,因此筛选阈值调整为:FoldChang=10,padj=0.001。一般情况下选择FoldChang=1.5~4,padj<=0.05即可,根据样本情况而定。下面查看三种差异分析结果的相关性和差异基因的重叠情况。 代码语言:...
DESeqResults object and constructorDataFrame
library(DESeq2)library(airway)data("airway")ddsSE<-DESeqDataSet(airway,design=~cell+dex)ddsSE<-DESeq(ddsSE)res<-results(ddsSE,tidy=TRUE)%>%na.omit()%>%as_tibble()head(res) #A tibble: 6 x 7row baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue padj<chr><dbl><dbl><dbl><dbl><dbl><db...
Results-构建结果表 lfcShrink-使用apeglm和ASHR包估计缩小的LFC(后验估计) vst-应用方差稳定化变换,例如用于PCA或样本聚类 Plots,例如:plotPCA、plotMA、plotCounts image.png 其他函数 coef(object, SE = FALSE, ...) object,由DeSeq返回的一个DESeqDataSet。
使用DESeq2创建DESeqDataSet对象，并通过DESeq()函数估计大小因子、分散及执行差异表达测试。接着，利用results()函数提取测试结果。需注意，countData是一个矩阵，其行代表基因，列代表样本；colData是一个DataFrame，内含样本信息；condition是用于比较的条件。在进行多次假设检验时，需调整以控制假阳性率，DE...