plotHeatmap 是deeptools 中的一个工具,用于生成基于基因组区域的信号强度的热图。以下是 plotHeatmap 的所有参数及其详细解释: 必需参数 --matrixFile, -m:由 computeMatrix 工具生成的矩阵文件。 --outFileName, -out, -o:输出图像的文件名。文件扩展名将用于确定图像格式(如 "png", "eps", "pdf", "svg"...
7.-o matrix1_H3K4me3_l2r_TSS.gz \ # to be used with plotHeatmap and plotProfile 8.--outFileSortedRegions regions1_H3K4me3_l2r_genes.bed 功能二:Tools for QC 包括PCA作图,correlation作图等,都是运用multiBamSummary得到npz文件统计样本间的相关系数作图和PCA分析作图,没有需求故此处不做介绍。 功能三...
7.-o matrix1_H3K4me3_l2r_TSS.gz \ # to be used with plotHeatmap and plotProfile 8.--outFileSortedRegions regions1_H3K4me3_l2r_genes.bed 功能二:Tools for QC 包括PCA作图,correlation作图等,都是运用multiBamSummary得到npz文件统计样本间的相关系数作图和PCA分析作图,没有需求故此处不做介绍。 功能三...
--skipZeros -o H3K27Ac.matrix.mat.gz plotProfile -m H3K27Ac.matrix.mat.gz -o H3K27Ac.profile.pdf # plotHeatmap -m matrix.mat.gz -o sample.heatmap.pdf 最新的可以替代传统ChIP-seq的新技术。 ChIP 与 CUT&Tag 的爱恨情仇【优质文章】 ChIP-seq vs. CUT&RUN vs. CUT&Tag: Which should...
功能三:Heatmaps and summary plots plotHeatmap plotProfile plotEnrichment plotHeatmap 主要用来画热图(虽然没什么用)并包含聚类功能(虽然也没什么用)。 =,= 上游数据是computeMatrix得到的gz file 注意:作图会把之前computeMatrix时候提交的多个bed文件分开作图,还是很好的,如果针对单个bed file进行作图,还可以使用k...
plotHeatmap-m matrix.gz-o heatmap.pdf 生成的结果分成了两部分,第一部分和plotProfile的结果相同,第二部分是一个热图,示意如下 就是将生成的tab文件中的内容绘制了一个热图,以上展示的都是基本用法,除此之外,还有很多的参数可以调整,绘制出更加美观的图片。
· plotHeatmap -m matrix.mat.gz -out compare_heatmap.png · 参数讲解: · -m computeMatrix 步骤所产生的矩阵 · -o 输出文件 · 结果展示: 将转录因子的DNA结合强度信号强度从高到低排列,同时画出其他调控因子或组蛋白修饰结合信号。有助于我们从全基因组角度,了解转录因子或组蛋白修饰之间的关系©...
I'm using deepTools version 2.4.1.0 on a Cloudman instance of Galaxy. When I try to label multiple regions and include spaces in the region names using plotheatmap I get the following error: Fatal error: Exit code 1 () Traceback (most recent call last): ...
DEEPTOOLS的三⼤功能 BAM & bigWig file processing Tools for QC Heatmap and summary plot Miscellaneous(此处不涉及)额外参数提⽰ 1. # 处理器数⽬设定 2. -p max/2 3.4. # 针对指定区域进⾏处理 5. --region chr2:10000-20000 6.7. # ignoreDuplicates参数去除重复序列，针对匹配到同⼀⽅...
From the mailing list: I have recently updated deeptools to the latest 3.0 version and was trying to reproduce some of the plots that I have already successfully made in the past. I would like to plot a profile for two bigwig files over ...