plotHeatmap 是deeptools 中的一个工具,用于生成基于基因组区域的信号强度的热图。以下是 plotHeatmap 的所有参数及其详细解释: 必需参数 --matrixFile, -m:由 computeMatrix 工具生成的矩阵文件。 --outFileName, -out, -o:输出图像的文件名。文件扩展名将用于确定图像格式(如 "png", "eps", "pdf", "svg"...
--whatToPlot heatmap --colorMap RdYlBu --plotNumbers \ -o ${NPZ}_heatmap_SpearmanCorr_readCounts.png \ --outFileCorMatrix ${NPZ}_SpearmanCorr_readCounts.tab plotCorrelation \ -in ${NPZ}.npz \ --corMethod pearson --skipZeros \ --plotTitle "Pearson Correlation of Average Scores Per Tra...
2.2 plotHeatmap 绘制热图 可以单独对一个样本画图: $ plotHeatmap -m matrix.gz \ -out ExampleHeatmap2.png 也可以把多个图放在一起,同时设置 --kmeans 聚类的数量, --colorList 修改颜色和 --whatToShow 修改显示的图形。 $ plotHeatmap -m matrix_two_groups.gz \ -out ExampleHeatmap2.png \ ...
plotHeatmap -m $out_dir/$name1.matrix.gz -o $out_dir/$name1.heatmap.png --legendLocation best --colorList"white,${color}"--samplesLabel N_IgG AD_IgG N_SOX9 AD_SOX9 macs3 peak calling 将同类型【同抗体、同细胞】的数据全部merge起来call peak,以input control作为对照。【不同是指组织不...
· plotCorrelation · 原理: · 针对multiBamSummary 产生的矩阵,利用pearson 或者spearman 计算样本间的相关性 · 用法: · plotCorrelation -in readCounts.npz –corMethod spearman --skipZeros --plotTitle 'Spearman Correlation of Read Counts' --whatToPlot heatmap --colorMap PuRd –plotNumbers -o he...
**基本用法**: ```bash plotHeatmap -m matrix.tab -o heatmap.png --colorMap blueWhiteRed --rowLabels ``` **主要参数**: - `-m`, `--matrixFile`: 输入的矩阵文件。 - `-o`, `--outFileName`: 输出文件名。 - `--colorMap`: 热图的颜色映射方案。 - `--rowLabels`: 显示行标签。
1.plotHeatmap -m matrix_two_groups.gz \ #输入gz文件 2.-out ExampleHeatmap2.png \ 3.--colorMap RdBu \ #指定颜色 4.--whatToShow 'heatmap and colorbar' \ #指定输出geatmap和colorbar 5.--zMin -3 --zMax 3 \ #指定colorbar的范围 6.--kmeans 4 #设定聚类个数 EXAMPLE FIGURE 类似于...
--whatToShow ：输出图片中的内容，可选： “plot and heatmap”, “heatmap only”, “heatmap and colorbar”该模式大部分参数与 scale-regions 模式一致，不同的是：--referencePoint ：指定参考点，可选：TSS, TES, center 如果只想单独生成ChIP-seq信号谱图可以使用 plotProfile 命令 plotProfi...
I'm using deepTools version 2.4.1.0 on a Cloudman instance of Galaxy. When I try to label multiple regions and include spaces in the region names using plotheatmap I get the following error: Fatal error: Exit code 1 () Traceback (most re...
1.plotHeatmap -m matrix_two_groups.gz \ #输入gz文件 2.-out ExampleHeatmap2.png \ 3.--colorMap RdBu \ #指定颜色 4.--whatToShow 'heatmap and colorbar' \ #指定输出geatmap和colorbar 5.--zMin -3 --zMax 3 \ #指定colorbar的范围 6.--kmeans 4 #设定聚类个数 EXAMPLE FIGURE 类似于...