近日,上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和仁济医院泌尿外科郑军华团队在 Nature Biotechnology(IF = 46.9)发表重要研究成果。该研究发展了高灵敏、高分辨的空间转录组学测序新技术Decoder-seq,并运…
首先,Decoder-seq通过3D树状纳米基底将条形码的修饰密度提高约一个数量级,进而提高组织mRNA捕获效率,从而提高了基因的检测灵敏度。其次,Decoder-seq利用微流控辅助编码,可生成空间分辨率灵活的编码点阵(50、25、15和10 μm)。此外,正交编码策略生成的确定性组合条形码显著减少了编码DNA种类,且无需解码步骤,极大地降低实...
结果显示,Decoder-seq平台具有更高的mRNA捕获效率,检测到大约37,663个独特基因,且两次独立生物学重复之间的基因和UMI分布高度一致,证明其可靠性与重复性。比较其mRNA捕获效率,他们发现Decoder-seq比此前的策略多鉴定到39%的基因,且在15 μm...
Encoder-Decoder 模型(seq2seq、集束搜索、贪心搜索)简记 seq2seq顾名思义就是模型的输入和输出均是序列(sequence),机器翻译模型是seq2seq的一典型例子。 RNN-Encoder-Decoder模型 1、机器翻译模型 机器翻译模型 上图的机器翻译模型由左边的多对一RNN(many to one)和右边的一对多RNN(one to many)组成,左边绿色部...
Encoder-Decoder是一种常用的模型架构,广泛应用于序列到序列(Seq2seq)学习问题中。它由两个主要组件——编码器(Encoder)和解码器(Decoder)组成。 编码器负责把输入序列转换为一个固定长度的向量,该向量包含输入序列的所有信息;而解码器根据此向量生成目标序列。在训练阶段,给定输入序列和它们对应的目标序列,编码器可以...
Encoder-Decoder、Seq2Seq、Attention 传送门1:Encoder-Decoder 和 Seq2Seq 因为注意力不集中,所以这篇随笔就是看别人的文章,随手参考写写的。 1.Encoder-Decoder Encoder-Decoder模型并不特指某种具体算法,而是一种通用的框架,这个框架下可以使用不同的算法来解决不同的任务。
Seq2Seq模型结构 可以看到:自编码器和Seq2Seq模型的结构非常类似,主要结构包含Encoder压缩和Decoder解压...
在encoder-decoder的attention层,queries来自于之前的decoder层,而keys和values都来自于encoder的输出。这个类似于很多已经提出的seq2seq模型所使用的attention机制。 在encoder含有self-attention层。在一个self-attention层中,所有的keys,values以及queries都来自于同一个地方,本例中即encoder之前一层的的输出。
encoder-decoder(编码-解码)指的则是seq2seq中的一种更细节一点的建模技术。在seq2seq的场景中,输入...
seq2seq 即“Sequence to Sequence”,是一个 Encoder–Decoder 结构的网络,它的输入是一个序列,输出也是一个序列, Encoder 中将一个可变长度的信号序列变为固定长度的向量表达,Decoder 将这个固定长度的向量变成可变长度的目标的信号序列。这个结构最重要的地方在于输入序列和输出序列的长度是可变的,可以用于翻译,...