最终筛选出共11对lncRNA-mRNA的Pearson相关系数绝对值大于0.9且p<0.05。相关性结果以网络形式展示(图3C),11对lncRNA-mRNA间的相关性矩阵如图3D所示。 图3 预后标志物筛选 根据获得的DElncRNAs我们使用单因素cox回归分析了了lncRNA与患者...
LncRNA的作用机制不清楚,lncRNA的功能非常难研究。当前很多通过研究miRNA与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能,热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。通过已知作用机制的microRNA (它的sponge或ceRNA 效应)来推知相关lncRNA的功能,是lncRNA功能研究的新的方向和思路。 【2.1】相关的m...
rm(list=ls())# make count tablesetwd("~/Desktop/202006-RNASeq_course/")raw_df<-read.table(file="./03.code_and_data/out_table/293T-RNASeq-Ctrl_vs_KD.STAR.hg38.featureCounts.tsv",header=T,skip=1,sep="\t")count_df<-raw_df[,c(7:10)]rownames(count_df)<-as.character(raw_df[...
c)周边有两条差异表达的lncRNA,而且一条是enhancer RNA,一条是RBT。 第三步、lncRNA的功能分析 1)用多点QPCR的方法,证明两个lncRNA与其1L1β表达量的相关性(虽然二代测序的样本过少,不足以进行相关性就计算,但可以使用Qpcr补充); 2)用CHIP-QPCR证明,在炎症条件下关键转录因子NFkβ可以结合在两个lncRNA的pr...
De-repressing LncRNA- targeted genes to upregulate gene expression: focus on small mol- ecule therapeutics. Mol Ther Nucleic Acids. 2014;3:e196.Fatemi, R.P.; Velmeshev, D.; Faghihi, M.A. De-repressing LncRNA-Targeted Genes to Upregulate Gene Expression: Focus on Small Molecule ...
在探究DNAJC3-AS1缓冲FBL凝聚状态的机制时,研究者通过体内和体外相分离实验发现lncRNA调控朊病毒样蛋白质相分离的双面功能:lncRNA DNAJC3-AS1具有多个FBL 相分离驱动结构域GAR domain的结合位点,通过招募FBL从而促进该蛋白质的液态凝聚;...
看了上面这些内容后,作为一个研究LncRNA的科研狗是不是很好奇自己心爱的LncRNA究竟能 不能编码蛋白,首先我们需要知道LncRNA是否具有开放阅读框ORF,我们可以使用NCBI网站 的ORF Finder功能进行确定,网址为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/。 另外也可以使用网站CPAT(Coding PotentialAssessment Tool)来进行编...
1.lncRNA通常较长,具有mRNA样结构,经过剪接,具有polyA尾巴与启动子结构,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式; 2.lncRNA启动子同样可以结合转录因子,局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征; 3.大多数的lncRNA在组织分化发育过程中,呈现动态的表达变化,具有明显的时空表达特异性。 lncRNA的作用机制...
【在线交流】lncRNA测序数据挖掘 lncRNA是一类长度超过200bp的、不编码功能蛋白的RNA。其功能多种多样,包括作为复合物骨架、分子诱饵等,可在多种层面上(表观遗传调控、转录调控及转录后调控等)调控基因的表达水平。 因此,lncRNA近年来也越来越受科研人员追捧,但其作用方式多样化,lncRNA的研究需要结合多组学数据。
一般来说lncRNA的系统发现,主要有两种方法, 一是通过高通量RNA-Seq测序技术检测来自非蛋白编码区的转录本; 二是基因芯片中对应非蛋白编码区探针的表达信号进行识别。 而这篇文章用的是第二种方法,首先发现了在小鼠肝脏中特异表达的3个lncRNA。 接下来通过检测小鼠禁食和恢复饮食过程中lncRNA的表达情况,从这3个lnc...