de novo assembly是新的基因组装配，（de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接），即在没有参考序列的情况下进行序列拼接，对未知基因组序列进行测序，利用生物信息学分析手段，对序列进行拼接、组装，从而获得其基因组的图谱。但这是个相对的概念，比如如果有了人类基因组作参考，那拼chimpanzee的就不...
重叠-连接-一致性方法(OLC) 重叠-连接-一致性方法(Overlap-Layout-Consensus,OLC)是一种从头组装(de novo assembly)测序数据的常见算法。它用于将大量短读段组装成更长的连续序列(通常是基因组或染色体)。下面是OLC算法的详细解释: 检测任意两个读段是否有重叠(Calculate all overlaps): 在这一步,算法会比较所有...
基于MEGAHIT、SPAdes等一套组装软件做基因组的de novoassembly的工作不少,而且pipeline也是非常成熟的了。但这些软件本身只能基于给出的reads来进行拼接,而往往难以考虑输出的所有contigs之间可能的关系,甚至做完了scaffolding都不能够有效地输出有足够cover的序列。这一点往往会在后续的流程里面造成不同的坏影响: 最近的方...
生物测序中的de novo genome assembly，简单来说，就是对未知基因组进行从无到有的序列构建过程。"de novo"意味着在没有预先存在的参考序列的情况下，通过生物信息学技术，将测序片段拼接起来，形成完整的基因组图谱。如果已经有人类或其他物种的基因组作为参考，对它们的组装则不属于de novo，而是ab ini...
De novo genome assembly 是一种生物信息学技术，它通过对原始测序数据进行分析和组装，生成全新的基因组序列。在这个过程中，测序数据被分解成小的片段或序列标签，然后通过特定的算法和生物信息学软件将这些片段组合成一个完整的基因组图谱。二、技术过程 该过程不依赖于任何已知的参考基因组序列，而是依赖...
组装方法分为基于参考基因组的组装（Mapping assembly）和从头组装（denovo assembly）两大类。denovo组装不依赖任何已知的基因组参考序列信息，直接从原始序列进行拼接。主流算法包括OLC方法与DBG方法，其中DBG方法通过构建De-Bruijn图，实现高效、准确的序列组装。2. 基于De-Bruijn Graph的组装算法 以下是...
De novo assembly and annotation of the Zhe-Maidong (Ophiopogon japonicus (Lf) Ker-Gawl) transcriptome in different growth stages De novo assembly and annotation of the Zhe-Maidong (Ophiopogon japonicus (Lf) Ker-Gawl) transcriptome in different growth stagesZhe-Maidong (Ophiopogon japonicus (L.f...
2022年,中南大学湘雅医学院周智君教授团队在Mol Med Rep发表了题为"De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the mechanisms of primary ovarian cancer in Microtus fortis"的研究论文,该研究利用De novo转录组组装和RNA-seq揭示了东方田鼠原发性卵巢癌机制的新见解。易基因科技为本研...
2022年,中南大学湘雅医学院周智君教授团队在Mol Med Rep发表了题为"De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the mechanisms of primary ovarian cancer in Microtus fortis "的研究论文,该研究利用De novo转录组组装和RNA-seq揭示了东方田鼠原发性卵巢癌机制的新见解。易基因科技为本...
In the present study, we, for the first time, constructed a comprehensive dataset for Salvia splendens through de novo high-throughput transcriptome sequencing. Methodology/Principal Findings We performed de novo transcriptome sequencing on two different branching type plants (Strain 35 and Cailinghong)...