且一次性完成重复实验(3)分析信息准备:本研究物种匹配的成熟的基因组信息(包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件)备注:理论上植物转录因子都可以做DAP-seq,非植物样本理论上可行,但由于DAP是植物的表达系统,无法保证后续结果。
ChIP），是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在...
技术路线：◆ 主要内容◆ 研究发现二倍体草莓Fragaria vesca中的FvRIF是控制果实成熟的关键调节因子，FvRIF的敲除突变导致果实不能成熟发育。DAP-seq与转录组结合表明，2080个基因是FvRIF介导的调控的直接靶点，包括与果实成熟的各个方面相关的基因。研究表明，FvRIF通过直接调节相关核心基因来调节花青素生物...
3. 利用DAP-Seq技术鉴定N. crassa转录因子的直接靶点 为了确定参与植物生物量解构的转录因子的直接调控,研究人员使用了DAP-seq。为了确保DAP-seq是一种有效的方法来识别植物细胞壁解构转录因子的直接结合位点,研究人员对 CLR-1 和 XLR-1 的 ChIP-seq 和 DAP-seq 数据进行比较,结果显示这两个数据集有很强的重叠。
DAP-seq 产品介绍 常见问题 经典案例 DNA亲和纯化测序(DAP-seq,DNA Affinity Purification sequencing),通过体外构建表达转录因子(TF,Transcription Factor)蛋白,与目标基因组片段结合,针对把目的蛋白所结合的基因组DNA片段进行富集。通过与高通量测序技术的结合,对DAP后的DNA产物进行测序分析,从全基因组范围内寻找目的蛋白...
图3.N. crassa主要PCWDE调控因子的重叠调控 3. 利用DAP-Seq技术鉴定N. crassa转录因子的直接靶点 为了确定参与植物生物量解构的转录因子的直接调控,研究人员使用了DAP-seq。为了确保DAP-seq是一种有效的方法来识别植物细胞壁解构转录因子的直接结合位点,研究人员对CLR-1 和 XLR-1 的 ChIP-seq 和 DAP-seq 数据...
DAP-seq可以分为以下三个阶段 转录因子的无细胞表达 1、将转录因子TF蛋白连上一个Halo 标签，这个标签...
图5. ZmCCT调控玉米光周期依赖开花时间的一组基因 6.ZmCCT直接调节了一套响应应激反应基因 RNA-Seq 结果显示对生物和非生物胁迫的响应相关的9个基因有差异表达,其中6个基因在OE-ZmCCT中上调,3个基因下调。Dual-LUC测定结果证实了 RNA-Seq 的结果(图5b、6a)。这9个基因中的4个,即ZmVOZ1 、ZmARR16、ZmHY5和...
DAP-seq可以分为以下三个阶段 转录因子的无细胞表达 1、将转录因子TF蛋白连上一个Halo 标签，这个标签...