DAP-seq和ChIP-seq的区别: 服务优势: 高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点; 可用于模式物种和非模式物种的研究,无需特异性抗体; 100+ 物种,1000+ 转录因子的实验经验; 为您提供完整的DAP-seq解决方案。 已做物种: 植物类:拟南芥、茎瘤芥、甘蓝型油菜、白菜型油菜、不结球白菜、菜心、小麦、大...
1、相同点 在基因组水平上鉴定转录因子的结合位点,具有与ChIP-Seq同样的功能,都是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。 2、差异点
DAP-seq是研究在体外状态下蛋白质-DNA互作的技术;ChIP-seq是研究在体内自然状态下蛋白质-DNA互作的技术。 DAP-seq 是用来揭示基因组范围内某个蛋白质(通常是转录因子)的结合位点,进而预测下游的靶基因,而且不需要抗体,也不限物种,尤其适用于植物领域的研究;ChIP-seq如上所述,是一种常见的用来发现转录因子结合位点...
DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法,用体外表达的TFS来询问基因组DNA 在全基因组水平,检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案,在体外重组表达转录因子蛋白,与基因组DNA相互作用,对与重组蛋白结合的DNA测序,分析获得蛋白结合的基因位置,以及特异的DNA基序(mo...
DAP-seq和ChIP-seq的区别: DAP-seq的优势:不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,快速、高通量、节约时间成本。 11. DAP-seq用的input是什么,为什么选这个作为对照呢? Input对照是用的亲和纯化前的文库,目的是降低背景噪音,我们用的Input和2016年发表在Cell(DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the ...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag通常用于研究特定蛋白在基因组特定位置的结合情况，而ATAC-seq则关注染色质可及性。原理是，结合蛋白或染色质开放区域的DNA片段在测序时会比非结合片段的reads富集，形成“peak”。IGV工具概述 在掌握了基础知识后，让我们聚焦于如何使用IGV工具绘制这些图表。IGV是一款用户友好、...
研究发现，转录因子MeGI通过调控昼夜节律、水杨酸生物合成和类黄酮生物合成途径中的基因，影响油柿的性别控制功能。该研究使用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq和EMSA等技术，结合油柿和拟南芥的实验，揭示了MeGI的调控机制。油柿MeGI基因能抑制拟南芥雄蕊的发育，通过ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的联合分析，鉴定出...
在根据TFBS对转录因子进行研究时,通常是利用Chip-seq去挖掘TFBS和相关靶基因,但是由于抗体的限制,Chip-seq无法在非模式生物中很好地发挥作用。这个时候,另一种检测技术则成了非模式生物TFBS研究的首选,那就是——DAP-seq。在实际研究中,通常会在使用DAP-seq的同时,增加一个转录组检测,形成转录组+DAP-seq多组学...
表观遗传学研究中,转录因子调控位点的发掘一直是一个难题,ChIP作为一个经典的技术存在很多弊端,最主要的抗体问题,对于非模式植物更难入手,DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验,是研究非模式植物的顺反组的有利技术。本实验室先后在水稻,小麦,玉米,苜蓿,大豆,百脉