cat XXX_R1.fq | grep GATCGGAAGA illumia机器测序的方向是3-5,从这个情况来看,trim之后的有些reads长度会短一些。 但是因为在加接头之前需要加A,再加接头,我们把这个碱基往前挪去A去看,然后就可以发现都序列特征是AG 这个是DamID-seq的数据 我们需要知道,DamID是利用Dam和DpnI来工作的,DpnI的位点是G(me)ATC...
这个是 DamID-seq 的数据 我们需要知道，DamID是利用Dam和DpnI来工作的，DpnI的位点是G(me)ATC :(PS:记得在Adapter 后面加个A) 数据处理思路 1：先用cutadapt去掉接头 然后跑一个fastqc看一些结果，如果碱基质量很好的话，可以不用trim，如果碱基质量不够好还是需要trim的 2（可选）：tr...
DamID-SeqNeural stem cellsSICERIn recent years, DNA adenine methyltransferase identification (DamID) has emerged as a powerful tool to profile protein-DNA interaction on a genome-wide scale. While DamID has been primarily combined with microarray analyses, which limits the spatial resolution and full...
In order to identify transcription factor binding sites (TFBS) of double sex (DSX)-an important transcription factor in sex determination, we applied the DNA adenine methylation identification (DamID) technology to the fat body tissue of Drosophila, followed by deep sequencing (DamID-Seq). One ...
DNA 腺嘌呤甲基转移酶鉴定(通常简称为 DamID)是一种分子生物学方案,用于绘制真核生物中 DNA 和染色质结合蛋白的结合位点。DamID 通过将提出的 DNA 结合蛋白表达为与 DNA甲基转移酶的融合蛋白来识别结合位点。感兴趣的蛋白质与脱氧核糖核酸的结合使甲基转移酶定位在结合位点的区域。Adenine 甲基化在真核生物中不会自...
使用比对工具 BWA-MEM (v. 0.7.12)将来自 DamID-seq 实验的原始读数映射到小鼠 mm10参考基因组。与 DpnII (GATC)限制性片段侧重叠的映射读数的计数通过每千碱基的读数除以片段的长度,每百万个映射读数(RPKM)进行标准化。基于这些归一化计数,计算了 Dam-XX转导样品和相应的仅有 Dam 编码样品之间的 log2倍变化...
该研究基于团队前期创建的人类干细胞衰老研究体系,综合运用DamID-seq、Hi-C、ChIP-seq(H3K9me3、H4K20me3、H3K27me3、H3K4me3、H3K36me3、H3K27ac、H3K4me1)、ATAC-seq和全基因组DNA甲基化测序(WGBS)等多维技术系统绘制了人干细胞衰老过程中跨尺度、多层次、高分辨率的表观基因组图谱,以期探究干细胞在复制性...
damidseq_pipeline: An automated pipe- line for processing DamID sequencing datasets. Bioinformatics. 31:3371- 3373. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv386Marshall OJ, Brand AH (2015) damidseq_pipeline: an automated pipeline for processing DamID sequenc- ing datasets....
Identification of the transcriptional programme controlled by RUNX1 in the haemogenic endothelium by utilising damid-seqChitosanpDNANanoparticleMesenchymal stem cellTransfectionAllogeneic hematopoeitic progenitor cell transplantation (HPCT) is a curative therapy for pediatric patients with both malignant and ...
DamID-seq分析(三) 质控分析: https://www.jianshu.com/p/e0bfa7b75ccb mapping: https://www.jianshu.com/writer#/notebooks/30869589/notes/66543025 接下来,我需要去提取mapping完后的bam文件里的GATC的具体位置信息。 想法: 1,把bam的一对reads里面的chr start end提取出来...