Jump to...基本操作miRNA-mRNA调控网络不同的布局的调试和修改Attribute Circle LayoutGroup Attributes LayoutPrefuse Force Directed LayoutCompound Spring Embedder LayoutEdge-weighted Spring-Embedded Layo…
5.提取筛选过的mRNA-miRNA调控关系中的mRNA,加上类型mRNA。提取筛选过的lncRNA-miRNA调控关系中的lncRNA,加上类型lnc。前面筛选过的miRNA,加上类型miRNA。将这三者合并起来得到nodes文件。 接下来再参考☞视频讲解,就可以得到ceRNA网络图了 我们得到的最终ceRNA网络如下,绿色V型是lncRNA,红色六边形是miRNA,蓝色椭圆...
筛选过的mRNA-miRNA调控关系 筛选过的lncRNA-miRNA调控关系 4.合并筛选过的mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA调控关系就可以得到edges这个文件。 5.提取筛选过的mRNA-miRNA调控关系中的mRNA,加上类型mRNA。提取筛选过的lncRNA-miRNA调控关系中的lncRNA,加上类型lnc。前面筛选过的miRNA,加上类型miRNA。将这三者合并起来得到nod...
4.0.2miRNA-mRNA调控网络 Cytoscape可用于绘制基因共表达网络,这儿选取miRNA-gene调控网络 (含miRNA-gene表达相关性数据)做为例子,涉及到根据表达变化倍数对每个点进行着色、根据表达相关性对线进行着色、miRNA和靶基因采用不同的形状表示、微调获得合适的展示图形、结果导出PDF格式、导出图例等。
RNA调控网络图 在生物体内，除了承担遗传信息传递任务的mRNA外，还有多种类型的RNA，如lncRNA和miRNA等，它们共同构成了一个复杂的基因表达调控网络。为了更全面地了解不同处理条件下生物体内RNA的表达状况，我们可以采用全转录组测序、mRNA与miRNA联合测序、lncRNA与miRNA联合测序等技术。这些技术能够同时揭示样品中多种...
核心元素(Hub gene):位于调控网络中心,也就是连通性较高的元素。 数据准备 建立关联 基于已有成果获得。(string数据库) 基于表达量/丰度的相关性。(WGCNA) 基于序列的碱基互补关系。(miRNA-mRNA) 基于功能分类关系。(富集分析) 数据要求 格式: tsv文件(Tab Separated Values) ...
cytoscape调控网络图
绘制:miRNA 调控网络 插件:cytoHubba (关键基因) 插件:MCODE (关键子网络) 插件:stringAPP (蛋白互作网络) 插件:BiNGO (GO富集) 三、结果展示 1. 蛋白互作网络 2. miRNA 调控网络 3. cytoHubba 4. MCODE 5. stringAPP 6. BiNGO 因为这个cytoscape软件并不是很方便下载,而且上面大量的插件都比较麻烦,所以我们...
(015)010 【总页数】3 【关键词】[关键词] 微小核糖核酸;调控网络;Cytoscape 软件;基因本体 (GO)分析;KEGG 通路 *基金项目:北京市教育委员会科技发展计划(KM201710025010)“肿瘤力学 微环境关联 miRNA-mRNA 功能模块识别研究” 近年来,非编码核糖核酸 (ribonucleic acid , RNA) ,尤其是微小 RNA(microRNA,miRNA...
第一步是排序,根据PWM库(PWM is a matrix representation of a regulatory motif)对22284个人基因进行排序,对每个基因,我们用隐马可夫模型(Hidden Markov Model)搜寻转录起始点(TSS)附近(如500bp,20kb或10kb)的区域的顺式调控模块(CRM) 如果从N个PWM库开始,就可以建立N个基因排序,每个基因排序都把最有可能的目...