该插件主要使用近10000个TF motifs数据库和1000个ChIP-seq数据集或“tracks”来检测富集的TF motifs或ChIPseq峰。接下来,它将富集的TF motifs和“tracks”与靶点基因联系起来。 首先在Apps里的App Manager...里搜索并安装iRegulon插件。 首先需要准备用于分析的靶基因列表,并导入Cytoscape(选为source node即可)。 选中...
在cytoscape App Store(链接:Cytoscape App Store)中搜索cytoHubba插件,进行download 点击Apps-App Manager,点击install from file 找到cytoHubba的存放路径,打开之后就安装好了 3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target network择待分析的网络 ...
GDA网络可以通过cut-off过滤。另外，GDA网络可以围绕一个特殊的疾病或基因建立，需要通过search boxes。其...
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