1.菜单栏:File菜单:open(打开一个Cytoscape文件);New(建立一个新的网络,空的或已经存在的网络);Import(导入网络数据和属性);Export(输出数据和图)等Eidt菜单:Undo(撤销);Redo(重做);create/destory view (创建/撤销视图)等View菜单:Hide/Show Control Panel(打开或隐藏网络处理板块);Show Results Panel(网络浏览...
Cytoscape的数据挖掘主要是用到“筛选”工具。网络图常见的筛选方式是利用连通性筛选关键基因,Cytoscape可以直接计算点的连通性(K),点击菜单栏Tools->NetworkAnalyzer->Network analysis->Analyze Network,点击确认,连通性数据就会出现在“点信息页”,列名为“degree”。操作界面如下图: 点击筛选模块,新建筛选条件,在下拉...
Cytoscape官网：https://cytoscape.org/下载地址：https://cytoscape.org/download 02✦ PPI分析 1. 获取ppi结果文件 以上下调top20的差异基因为例，将基因列表导入string网站。选择Multiple proteins和物种信息，点击search，得到网络图。导出结果表格，选择TSV格式，便于cytoscape软件打开。2. 结果导入Cytoscape，开始美化...
通过上面的操作,我们已经了解cytoscape的基础操作,接下来为大家介绍使用ClueGO插件进行GO或者KEGG富集分析。 1. 安装ClueGO插件 进入网站https://apps.cytoscape.org/apps/cluego,安装ClueGO插件。安装成功后在cytoscape的Apps菜单栏可以看到ClueGO。 2. GO富集分析 ...
Cytoscape最方便的地方在于它有很多的插件,这些插件可以通过官网上下载(App),导入cytoscape,也可以直接在cytoscape上下载(App manager) 那怎么运用MCODE了,我们先在cytoscape安装好MCODE,打开一个基因网络。 一般选择in whole network,我们也可以选择我们感兴趣的区域 from selection。在advanced option里调整K-Core,我个人...
生信小课堂—应用Cytoscape插件找寻子网络hub基因 toscape是出名的网络可视化神器，它支持的网络种类很多。比如蛋白互作（PPI）、转录调控网络图（TF-target）、网络聚类模块分析（Module）、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络（ceRNA）、通路交互网络（pathway-crosstalk）等。Cytoscape的插件很多，选择哪个好呢？
1.工欲善其事,必先利其器- Cytoscape下载和安装 首先去官网下载Cytoscape,网址(https://cytoscape.org/)。可见如下界面,download!安装! 安装后,打开软件,见如下,表示软件安装成功: 提示,若安装运行失败,可能是没有装java,cytosacpe运行依赖于java,请检查电脑是否安装了jav...
语言:简中 更新:2025-01-10 资源说明 Cytoscape是一款便捷实用的开源应用软件,软件拥有人性化的UI用户界面,操作简单易上手,采用图形化显示网格的方式进行分析和编辑,主要功能包括构建网格、设计和图形绘制,支持TXT、SIF、GML等多种网格描述格式,大大提高用户的工作效率,有需要的小伙伴千万不要错过哦!