McC算法的计算过程如下: 1.对于给定的蛋白质相互作用网络,首先确定网络中的所有最大团。 2. 对于每个最大团,计算其节点的度中心性(Degree Centrality)。节点的度中心性是指节点与其他节点的连接数,用来度量节点在网络中的交互程度。度中心性可以通过计算节点的度(即与其他节点直接相连的边数)来获得。 3.在计算各...
使用cytohubba把关键子网络提取出来,如图筛选出关键子网络,MCC是cytohubba的较新的算法,将lable换为common name,这样我们可以通过右侧的rank分看出MCM1在网络中占有重要权重以及其与GAL4的关系。 12 13 使用MCODE插件(以下引自https://www.jianshu.com/p/17a0ba0ced3c), MCODE,MolecularCOmplexDetection,发现PPI网络中...
CytoHubba MCC算法的迭代公式如下: 1.初始化:给定一个图G=(V,E),其中V是节点集合,E是边集合。对每个节点v∈V,设置初始的MCC值为1.0。 2.迭代计算:重复执行以下步骤,直到收敛: a.对于每个节点v∈V,计算该节点的邻居节点集合Nv及其MCC值,再计算出该节点的MCC值,公式如下: 。 MCC(v)=∏MCC(u),其中u∈...