插件一：cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性分析，利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序发现其关键基因(hub gene)和子网络。cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了多种拓扑分析方法，包括：Degree (度中心性)：计算节点的度，即与节点直接相连的边的数量。EPC (Edge Percolated Comp...
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭ 使用cytohubba把关键子网络提取...
为了让生物工作者对网络特点的利用更加辩解,我们编写了cytoHubba插件以执行我们最新发展的算法和几个流行的算法。 加强的node 获取功能控制面板可以帮助研究者搜索和探索网络,并且可以提取感兴趣的子网络。 使用方法 CytoHubba界面提供了一个简单的交互界面有11个得分方法的分析界面。 首先,所有11中方法在每个node中的得分...
在cytoscape App Store(链接:Cytoscape App Store)中搜索cytoHubba插件,进行download 点击Apps-App Manager,点击install from file 找到cytoHubba的存放路径,打开之后就安装好了 3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target network择待分析的网络 ...
3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target network择待分析的网络 3、点击calculate 4、点击Top,可根据自身课题需要,调整提取关键基因的数量 5、下方Closeness可下拉选择计算方法
在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 ...
使用cytohubba把关键子网络提取出来,如图筛选出关键子网络,MCC是cytohubba的较新的算法,将lable换为common name,这样我们可以通过右侧的rank分看出MCM1在网络中占有重要权重以及其与GAL4的关系。 使用MCODE插件(以下引自https://www.jianshu.com/p/17a0ba0ced3c), ...
将1.3获得的交集靶点利用STRING,其实置信度得分高于0.4为显著相关。结果在Cytoscape软件中进行可视化分析,CytoHubba插件进行差异基因的上调及下调基因中关键基因的筛选,取Degree算法得分,分别选取得分前10个基因确定为关键基因。 DAVID数据库进行GO功能分析,包含了生物过程(biological process,BP)、细胞成分(cellular component,...
你是不是用的不同算法，cytohubba支持11种不同算法
2.1 插件下载: 首先点击App Manager 在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 ...