CVFF力场的势函数可以表示为:E_total = E_bond + E_angle + E_dihedral + E_vdW + E_elec。其中: E_bond表示键长势能,其形式为E_bond =∑(K_bond * (r - r_eq)^2)。在这里,K_bond是键长常数,r是实际键长,r_eq是平衡键长。 E_angle表示键角势能。 此外,还有E_dihedral(表示二面角势能)、E_...
一般而言,MD模拟结果的准确性主要依赖于模拟中所选用的分子力场,其精度直接决定了动力学模拟结果的可靠性。 力场一般分为三种: i)全原子力场:精确定义每一个原子的参数。 ii)联合原子力场:省略非极性氢原子,同时把其参数整合到与他们成键的相邻原子上。 iii)粗粒化力场:进一步精简分子结构的力场参数,种类比较多。
cvff力场势函数-回复 什么是力场势函数? 在物理学中,力场是指空间中存在的与物质相关的力的分布。力场可以通过力场势函数来描述,力场势函数是描述力场中的力与物体位置之间关系的函数。具体而言,力场势函数是指在一个力场中,对于任意位置的物体,通过计算势函数的梯度,可以得到该位置上的力大小和方向。力场势函数在...
(1)导入CaF2模型后,使用forcite模块设置力场时,可能会提示F原子的力场参数无法识别。 在这种情况下,右键选择Label,对原子的力场进行标记,发现F原子没有被识别出力场。 如果使用这个文件导出data文件,那么在data文件中,F原子会被标记为xx,表示没有被识别。 (2)打开msi2lmp文件夹内的cvff_aug.frc文件,这是最新的一...
COMPASS 是一个通用力场,用于常见有机分子、无机小分子和聚合物的原子模拟,它是使用从头计算和经验参数化技术开发的。请参阅 msi2lmp 工具的Tools页面,该工具用于从 BIOVIA 的 Materials Studio 文件创建 LAMMPS 模板输入和数据文件。请注意,msi2lmp 工具非常旧,并且基本上没有维护,因此它不支持 Materials Studio 提...
CVFF最适合于有机小分子和蛋白质，对生物大分子还不错吧。生物大分子用AMBER力场比较好
Filename : cvff.frc Definition name : cvff_nocross_nomorse Version : 2.4 Last modific...
应该是根据compass中力场形式去对应lammps中键长键角二面角等关系式
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