Cut&Tag数据分析笔记(1):比对和callpeak 本文为学习cuttag官方教程的一些笔记,代码全部是我运行后贴过来的。关于实验的原理部分本文不太涉及哈。 官方教程地址:CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial (yezhengstat.github.io) 用到的软件之类的大家自行下载哈。用conda装就行 我看了官方的教程,其中是有...
大部分我所选用的代码都是cuttag文章分析流程推荐的代码(https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#VII_Visualization),但是官网上有部分内容不太适合我们分析的内容,所以做了一些微小的改动。 图片.png 代码语言:javascript 复制 //## -I 是最短序列 -X 是最长序列 -p 线程 -x 指定参考基因组的index...
参考文献 Ye Zheng, Kami Ahmad, Steven Henikoff. CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial. Protocol .io, 2020.Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019;10(1):1930.
重复分析主要参考: https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/ 流程中出现K4me3写为K4m3的错误,请注意 流程如下: pipeline 01.数据的下载 根据流程,从SRA数据库下载相关数据: cd/public/home/jlwang_gibh/project/05.gu/01.CUTTag_test/00.data wget-c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih....
通常,差异检测比较相同组蛋白修饰的两种或多种条件。在本教程中,受演示数据的限制,我们将通过比较两个重复的H3K27me3和两个重复的H3K4me3来说明差异检测。我们将使用DESeq2 (complete tutorial)作为说明。 (1)创建主要peak列表,合并每个样品的peaks >library(GenomicRanges)>library(magrittr)>mPeak=GRanges()## ...
CUTTag_tutorial 项目。点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:1 积分 电信网络下载 PointCNN 2024-10-20 15:32:13 积分:1 python-env-manager.vsix 2024-10-20 15:27:53 积分:1 Qmi镶嵌到QWidget中,并使用Qml的PathAnimation制作动画 2024-10-20 14:52:23 积分:1 ...
官方建库和分析教程:Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag- Nature Protocols - 2022 参考: CUT&Tag 数据处理与分析教程 五:Peak calling CUT&Tag 数据处理与分析教程 终篇 原版:CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial
CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial (protocols.io) 新的ngs流程该如何学习(以CUT&Tag 数据处理为例子) #cuttag Cut &Run 和 Cut & Tag 都是Steven Henikoff实验室开发的方法。 先从linux command入手,来跑一遍CUT RUN的流程,用的数据是实验室测序的数据。 conda下创建一个小环境 cuttag 代码语言...
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A bash/R script adapted from the CUT&Tag processing and analysis tutorial is included in this repository to generate a quality report. The information presented includes the % of mapped reads, the % of mitochondrial reads, the % of E.coli reads and the % of duplicate reads. In general, ...