2.4 百迈客项目数据在TSS附近富集 然后我们绘制了每个基因的TSS 上下游 3 kb 区间的测序 Reads 的密度分布图,并将结果以热图的形式呈现,以研究项目数据在TSS附近富集情况。下图显示两个技术重复在TSS区均显著富集并保持较高的一致性。 图3 CUT&Tag数据在TSS附近的分布密度...
通过对3例样本测序结果插入片段进行统计,发现3个样本的文库特征峰相似,均符合Tn5酶周期性分布特征,符合重复性要求。 通过对F1、F2、F3这3例样本的测序数据进行IGV可视化展示,发现3个样本的峰信号相似,符合重复性要求。3个样本的reads分布相似,在TSS区域存在明显富集。...
菲沙基因小鼠细胞HiCUT (H3K4me3)的peak信息及TSS富集热图 我们仅测序了8Gb的原始数据量,过滤后得到了~12 million read pairs用于call peak,共得到了63682个peaks,从上图可产出,H3K4me3的peak信号在TSS处富集效果很好,可视化结果展示背景噪音很低,好看的peak让人赏心悦目。使用pairtools对Hi-C 3.0部分进行质控,关注大...
表观生物实测数据 1 表观生物利用CUT&Tag检测组蛋白修饰H3K27me3的读长覆盖图,显示CUT&Tag H3K27me3 peaks(第二行),与文献数据对比(第一行)[1] 表观生物实测数据2 表观生物利用CUT&Tag检测H3K27me3的TSS分布热图(左列),与文献数据对比(右列)[1]...
Tag Matrix通常用于后续的可视化分析,比如绘制热图或信号分布曲线。# 定义TSS上下游的距离#promoter <- getPromoters(TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000)#tagMatrix <- getTagMatrix(GC_peak0.01, windows=promoter)#注释所有区域的峰值,无需指定tssRegionTSS区域附近#TxDb提供峰值注释所需的基因组参考信息。
Figure 2: CUT&RUN在样品处理过程中保留了全基因组富集。热图中使用新鲜、冷冻或交联的K562细胞和新鲜细胞核,显示转录起始位点(TSS)的CUT&RUN H3K4me3信号,红色表示H3K4me3高富集。 Q:我正试图将我的结果与已有的ChIP-seq数据进行比较——我需要继续做ChIP-seq吗?
TSS富集峰图 转录起始位点(Transcription Start Site,TSS)是没有核小体的,所以在ATAC-seq质控分析中,可以明显看到NFR在转录起始位点富集。以上图为例,我们选择TSS上下游3Kb的区域,NFR reads在TSS位点两侧有明显富集趋势。底下的热图也是同样的意思,每一行表示一个基因或者转录本,图中的红色区域也不一定要延伸到底,因...
在低细胞投入下,如10个细胞,TD904仍能获得明显的TSS富集效果。 图2. TD904低细胞投入的TSS富集热图 IGV视图结果显示低细胞投入下也能够获得相对应的结果。 图3. TD904低细胞投入的IGV全局视图 图4. TD904低细胞投入的IGV位点视图 2. 小片段富集优势 ...
kb区间的测序Read的密度分布，并将结果以热图的形式呈现，可见reads在TSS附近富集；（2）1000细胞起始量...
也是写了一个循环,在后台对几个文件进行热图的绘制,一般这个出的一个一个的单图,后面可以做图片的拼接。 图片.png 差异peak分析 首先是官网推荐的差异peak分析,官网上主要是根据DEseq2来进行差异分析的,但是一直不太理解的就是我改了循环之后,还是表头读不进去我的样本名称。