CUT&Tag在染色质颗粒的两侧插入拴系酶附近的接头,尽管染色质颗粒内也可能发生标记。因此,靶向组蛋白修饰的 CUT&Tag 反应主要产生核小体长度 (~180 bp) 或该长度的倍数的片段。靶向转录因子的 CUT&Tag 主要分别从相邻核小体和因子结合位点产生核小体大小的片段和数量不定的较短片段。核小体表面的DNA标记也发生,...
(一)创建peak x sample矩阵 通常,差异检测比较相同组蛋白修饰的两种或多种条件。在本教程中,受演示数据的限制,我们将通过比较两个重复的H3K27me3和两个重复的H3K4me3来说明差异检测。我们将使用DESeq2 (complete tutorial)作为说明。 (1)创建主要peak列表,合并每个样品的peaks >library(GenomicRanges)>library(magrit...
需要注意的是:read开始时序列内容不一致是CUT&Tag reads的常见现象。没有通过fastqc测试并不意味着数据失败。 (1)这可能是由于Tn5偏好。 (2)你可能检测到的是10 bp的周期性,在长度分布中显示为锯齿模式(如果不理解这句话,可以阅读文献阅读笔记:CUT&Tag)。如果是,这是正常的,不会影响比对或peak calling。在任何...
cut -f 1,2,6 $projPath/bed_files/${name}_bowtie2.clean.bed | sort -k1,1 -k2,2n -k3,3n > $projPath/bed_files/${name}_bowtie2.fragments.bed done (三)评估重复样品的再现性(接上一篇笔记) 为了研究重复样品之间和跨条件下的重现性,基因组被分割成500 bp的bin,并在重复数据集之间计算每...